A georeferenced database of the edaphic biota currently available for Argentina
Citation
Sanabria M C V, Velazco V N, Tolosa G, Falco L B, Coviella C E (2023). A georeferenced database of the edaphic biota currently available for Argentina. Version 1.12. Instituto de Ecologia y Desarrollo Sustentable (INEDES). Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/4pcmjs accessed via GBIF.org on 2024-08-27.Description
Soils have been studied and classified in terms of their physical and chemical characteristics, while the knowledge about biodiversity and the ecosystem processes that they support is lagging behind. Furthermore, the advance in scientific knowledge contributed by different researchers is dispersed and it is necessary to collect it to bring the big picture into focus. Today it is possible to have the findings and data collected by different researchers, compile them and, based on technological advances, have tools that allow the information to be analyzed in its entirety. The main objective of this work is to compile and systematize all the bibliographic information available on the main organisms that make up biodiversity in the soil: Acari, Collembola and Crassiclitellata in Argentina. A second objective, is to link the composition and structure of the soil community with processes and flows in the ecosystem, and to estimate them at different scales and in soils with different anthropic impact. The database presented here, gathers presence information on the mentioned taxa, their geographical location for the entire country, while preserving the identity and authorship of each scientific work consulted. The taxonomic range of the organisms of the edaphic biota collected in this database ranges from class to subspecies, and are registered based on the taxonomic level reported by the original author in his or her research. The publications were obtained from Google Scholar, Scopus and JSTOR; In addition, records were added from INEDES theses, library searches, information requested from authors cited in other articles and unpublished works. In total, information was collected from 224 published scientific works, as well as personal information requested directly to some authors. The total number of registered individuals so far is 4838 of which 3049 specimens correspond to Acari, 944 to Classiclitellata and 845 belong to Collembola.Sampling Description
Study Extent
The study area covers the entire territory of the Argentine Republic. Bibliographic works with information on the taxa Acari, Collembolla, and Clitellata were collected from different online repositories. The first recorded work is from 1902 and the last one is from 2023.Sampling
Database building A database was built containing all the information available for Argentina on Acari, Collembola, and Crassiclitellata taxa. The building of the base was carried out in two stages as described below.Quality Control
At the moment this type of control has not been carried out on the data set, except for typographical corrections.Method steps
- Data collection: A comprehensive search was performed on the taxa of Acari, Collembola and Crassiclitellata for works carried out in the entire Argentina, since as back in time as possible. The works include theses from INEDES, online searches from Google Scholar, Scopus, and JSTOR, personal requests to authors mentioned in the bibliography, Universidad de Buenos Aires library and National Library. In each search engine it was necessary to use several different techniques to cover the largest number of publications:
- In Scopus the following strings were used: ALL((microarthropods OR springtails OR mites OR oribatida OR mesostigmata OR prostigmata OR astigmata) AND ( argentina) AND soil AND (family OR genus OR species)) AND (LIMIT-TO (SUBJAREA, "AGRI") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "ENVI") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "MULT") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "EART")) AND (LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Collembola") OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Acari") OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Soil Fauna")) AND (LIMIT-TO (LANGUAGE, "English") OR LIMIT-TO (LANGUAGE, "Spanish") OR LIMIT-TO (LANGUAGE, "Portuguese"));
- ALL((microarthropods OR springtails OR mites OR oribatida OR mesostigmata OR prostigmata OR astigmata or earthworm) AND ( argentina) AND soil AND (family OR genus OR species)) AND (LIMIT-TO (SUBJAREA, "AGRI") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "ENVI") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "MULT") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "EART")) AND (LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Collembola") OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Acari") OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Soil Fauna")) OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "earthworm")) AND (LIMIT-TO (LANGUAGE, "English") OR LIMIT-TO (LANGUAGE, "Spanish") OR LIMIT-TO (LANGUAGE, "Portuguese")).
- In Google Scholar, the initial search was for each taxon in Argentina, eg. "Acari Argentina"; This search provided only few publications. Therefore, a search was implemented for each group in each province, such as “Acari Salta Argentina”, both in Spanish and English.
- JSTOR database was used for searching older works. Additionally, if some work mentioned in a publication could not be found online or in libraries, the author was contacted directly to ask for the data. This was also the way unpublished works were obtained.
- The occurrence records were georeferenced based on the information provided by each original work. In this way the occurrences were geographically located according to different strategies: a) if the work reported the exact coordinates, these were taken, b) if the publication referenced the sites in an image were interpolated using a GIS tool and this approximation was taken as valid, c) if the works did not present exact information on the geographical coordinates, they were geolocated to the closest locations using Google Maps or Google Earth, d) Always Where possible, the georeferenced locations requested from the authors of the original work were used.
- Additionaly the biological occurrence of the different taxa found, as well as their geographical location, were recorded in this database, and we also ensured that the ownership of each scientific work was preserved, awarding the corresponding author to the registry.
- Data integration: The synonymy used by each researcher to identify the original work was preserved, including the key and nomenclature used by the authors during the development of their research. However, the taxonomy and nomenclature have changed over the years. That is why current systematic listings were chosen for each group according to the current taxonomic structure.
- In order to unify the nomenclature for Acari, the systematic lists of Subías 2022, and Pachl et al. 2020 in the suborder Oribatida were used for the Sarcoptiformes. For the infraorder Astigmata, as well as for the orders Mesostigmata and Trombidiformes, the list proposed in Zhang 2011 and Krantz and Walter 2009 was used.
- For Collembola, we followed the criteria put forth by Deharveng 2004, Zhang 2011, and Bernava-Laborde and Palacios-Vargas 2020 . Were for works that used a different taxonomic level, or a type of classification that fell into disuse, the data were incorporated into the database at the higher taxonomic level.
- For grouping the order Crassiclitellata, the information collected by Brown and Fragoso 2007, and by James and Davinson 2012 was used. Additionally, we also followed the considerations by Schmelz et al. 2021 that proposes updating in Oligochaeta (Annelida, Clitellata) to Order.
- For all taxonomic groups, when a specimen was tagged with a question mark indicating an ID doubt (¿) or with the abbreviations aff. or cf. it was registered at the next higher level, eg the individual registered as Scheloribates aff. Bidactylus, is counted made as of the genus Scheloribates.
Taxonomic Coverages
This data set of organisms of the edaphic biota in Argentina, covers different taxonomic levels of the Clitellata (Oligochaeta), Collembola, and Acari classes. It shows the Orders, Infraorders, Superfamilies, and Families widely recognized in the cited bibliography.
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Clitellata Michaelsen, 1919rank: class
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Crassiclitellata Jamieson, 1988rank: order
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Megascolecoidearank: superfamily
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Acanthodrilidae Claus, 1880rank: family
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Megascolecidae Rosa, 1891rank: family
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Ocnerodrilidae Beddard, 1891rank: family
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Lumbricoidearank: superfamily
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Lumbricidae Rafinesque-Schmaltz, 1815rank: family
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Glossoscolecoidearank: superfamily
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Glossoscolecidae Michaelsen, 1900rank: family
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Enchytraeoidearank: superfamily
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Enchytraeidae Vejdovsky, 1879rank: family
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Collembola Lubbock, 1870rank: class
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Entomobryomorpha Börner, 1913rank: order
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Isotomoidea Schäffer, 1896rank: superfamily
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Isotomidae Schäffer, 1896rank: family
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Entomobryoidea Schäffer, 1896rank: superfamily
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Entomobryidae Schäffer, 1896rank: family
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Paronellidae Börnerrank: family
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Microfalculidae Massoud y Betsch, 1966rank: family
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Tomoceroidea Szeptycki A, 1979rank: superfamily
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Tomoceridae Schäffer, 1896rank: family
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Poduromorpha Börner, 1913rank: order
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Hypogastruroidea Börner, 1906rank: superfamily
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Hypogastruridae Börner, 1906rank: family
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Neanuroidea Börner, 1901rank: superfamily
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Neanuridae Börner, 1901rank: family
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Brachystomellidae Stach, 1949rank: family
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Odontellidae Massoud, 1967rank: family
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Onychiuroidea Lubbock, 1867rank: superfamily
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Onychiuridae Lubbock, 1867rank: family
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Tullbergiidae Bagnall, 1935rank: family
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Poduroidea Latreille, 1804rank: superfamily
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Poduridae Latreille, 1804rank: family
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Isotogastruroidea Thibaud y Najt, 1992rank: superfamily
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Isotogastruridae Thibaud y Najt, 1992rank: family
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Neelipleona Massoud, 1971rank: order
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Neelidae Folsom, 1896rank: family
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Symphypleona Börner, 1901rank: order
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Katiannoidea Börner, 1913rank: superfamily
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Katiannidae Börner, 1913rank: family
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Spinothecidae Delamare Deboutteville, 1961rank: family
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Arrhopalitidae Stach, 1956rank: family
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Sminthuroidea Lubbock, 1862rank: superfamily
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Sminthuridae Lubbock, 1862rank: family
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Bourletiellidae Börner, 1912rank: family
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Sminthuridoidea Börner, 1906rank: superfamily
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Sminthurididae Börner, 1906rank: family
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Dicyrtomoidea Börner, 1906rank: superfamily
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Dicyrtomidae Börner, 1906rank: family
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Arachnida Cuvier, 1812rank: class
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Acari Leach, 1817rank: subclass
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Trombidiformes Reuter, 1909rank: order
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Prostigmata Kramer, 1877rank: suborder
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Paratydeoidea Baker, 1949rank: superfamily
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Paratydeidae Baker, 1949rank: family
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Anystoidea Oudemans, 1936rank: superfamily
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Anystidae Oudemans, 1936rank: family
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Trombidioidea Leach, 1815rank: superfamily
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Trombidiidae Leach, 1815rank: family
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Erythraeoidea Robineau-Desvoidy, 1828rank: superfamily
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Erythraeidae Robineau-Desvoidy, 1828rank: family
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Smarididae Kramer, 1878rank: family
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Eupodoidea Koch, 1842rank: superfamily
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Rhagidiidae Oudemans, 1922rank: family
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Eupodidae Koch, 1842rank: family
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Penthalodidae Thor, 1933rank: family
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Bdelloidea Dugès, 1834rank: superfamily
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Cunaxidae Thor, 1902rank: family
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Bdellidae Dugès, 1834rank: family
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Tydeoidea Kramer, 1877rank: superfamily
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Tydeidae André, 1980rank: family
Geographic Coverages
This work covers all of Argentina´s geography, as the collection of the information was performed as described above, for the entire territory of the country.
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Contacts
Maria Cynthia Valeria Sanabriaoriginator
position: PhD. Student
Instituto de Ecología y Desarrollo sustentable (INEDES), Departamento de Ciencias Básicas, UNLu
Ruta 5 y Avenida Constitución
Lujan
6700
Buenos Aires
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Telephone: +5491165634954
email: cynvsanabria@gmail.com
userId: https://orcid.org/0009-0009-8945-5303
Victor Nicolás Velazco
originator
position: Ph.D. Student
Instituto de Ecología y Desarrollo sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, UNLu
AR
email: vvelazco@mail.unlu.edu.ar
userId: https://orcid.org/0000-0002-5546-0616
Gabriel Tolosa
originator
position: PhD.
Instituto de Ecología y Desarrollo Sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, UNLu
AR
email: tolosoft@gmail.com
userId: https://orcid.org/0000-0001-8237-7554
Liliana B. Falco
originator
position: Agronomist
Instituto de Ecología y Desarrollo Sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, UNLu
AR
email: falcoliliana@gmail.com
userId: https://orcid.org/0000-0001-9097-2572
Carlos E. Coviella
originator
position: PhD. Professor and Research
Instituto de Ecología y Desarrollo Sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, UNLu
AR
email: carlosecoviella@yahoo.com
userId: https://orcid.org/0000-0001-9200-5826
Maria Cynthia Valeria Sanabria
metadata author
position: PhD. Student
Instituto de Ecología y Desarrollo sustentable (INEDES), Departamento de Ciencias Básicas, UNLu
email: cynvsanabria@gmail.com
userId: https://orcid.org/0009-0009-8945-5303
María Cynthia Valeria Sanabria
author
position: PhD. Student
Instituto de Ecología y Desarrollo sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, Universidad Nacional de Luján(UNLu)
Ruta 5 y Avenida Constitucion
Luján
6700
Buenos Aires
AR
Telephone: +541165634954
email: cynvsanabria@gmail.com
userId: https://orcid.org/0009-0009-8945-5303
Victor N. Velázco
author
position: PhD. Student
Instituto de Ecología y Desarrollo sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, Universidad Nacional de Luján(UNLu)
AR
email: velazcon951@gmail.com
userId: https://orcid.org/0000-0002-5546-0616
Gabriel Tolosa
author
position: PhD. Professor and Research
Departamento de Ciencias Básicas, Universidad Nacional de Luján(UNLu)
AR
email: tolosoft@gmail.com
userId: https://orcid.org/0000-0001-8237-7554
Liliana B. Falco
author
position: agronomist
Instituto de Ecología y Desarrollo sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, Universidad Nacional de Luján(UNLu)
AR
email: falcoliliana@gmail.com
userId: https://orcid.org/0000-0001-9097-2572
Carlos E. Coviella
author
position: PhD. Professor and Research
Instituto de Ecología y Desarrollo sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, Universidad Nacional de Luján(UNLu)
AR
email: carlosecoviella@yahoo.com
userId: https://orcid.org/0000-0001-9200-5826
Anabela Plos
processor
position: Node Manager
GBIF Node Argentina
AR
email: plos@macn.gov.ar
userId: https://orcid.org/0000-0003-3877-7408
Maria Cynthia Valeria Sanabria
administrative point of contact
position: PhD. Student
Instituto de Ecología y Desarrollo sustentable (INEDES) - Departamento de Ciencias Básicas, UNLu
Ruta 5 y Avenida Constitución
Luján
6700
Buenos Aires
AR
Telephone: +5491165634954
email: cynvsanabria@gmail.com
userId: https://orcid.org/0009-0009-8945-5303