Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Mailyn González

doi:10.15472/blkufs

Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Citation

González M, Paz A (2021). Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. Version 1.2. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/blkufs accessed via GBIF.org on 2024-11-03.

Description

Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

Purpose

Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Sampling Description

Study Extent

Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.

Sampling

Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.

Quality Control

Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos de registros: basisOfRecord, type y collectionID de acuerdo a la naturaleza de los datos; Elementos geográficos: stateProvince, county y municipality;

Method steps

Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.

Additional info

Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas

Taxonomic Coverages

Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).

Apodiformes
rank: order
Psittaciformes
rank: order
Strigiformes
rank: order
Falconiformes
rank: order
Passeriformes
rank: order
Anseriformes
rank: order
Ciconiiformes
rank: order
Piciformes
rank: order

Geographic Coverages

Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.

Bibliographic Citations

Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. - http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. - http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese

Contacts

Mailyn González
originator
position: Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
111311.0
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: (571)3202767
email: magonzalez@humboldt.org.co
homepage: http://www.humboldt.org.co

Andrea Paz
metadata author
position: Investigador Asistente
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
111311.0
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: (571)3202767
email: apaz@humboldt.org.co
homepage: http://www.humboldt.org.co

Infraestructura Institucional de Datos
custodian steward
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: (571)3202767
email: i2d@humboldt.org.co
homepage: http://humboldt.org.co

Ángela María Mendoza Henao
content provider
position: Investigadora Asistente I
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT
Palmira
Valle del Cauca
CO
Telephone: (57-2)4450174
email: amendoza@humboldt.org.co
homepage: http://humboldt.org.co

Mailyn González
administrative point of contact
position: Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
111311.0
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: (571)3202767
email: magonzalez@humboldt.org.co
homepage: http://www.humboldt.org.co