Bacterias endosimbióticas causantes de infecciones gastrointestinales presentes en amebas de vida libre muestreadas en fuentes hídricas de los ríos Zulia y Pamplonita, Norte de Santander

Study Extent

El área de estudio corresponde a los puntos de muestreo seleccionados del Río Zulia y Pamplonita en jurisdicción de los municipios de El Zulia, Los Patios, San Cayetano y San José de Cúcuta ubicados en Norte de Santander.

Sampling

La toma de muestras puntuales se realizó por triplicado en los puntos de monitoreo seleccionados para cada fuente hídrica. Se tomó una muestra puntual para realizar análisis físico-químicos, una muestra puntual para análisis de protozoos, una muestra puntual para análisis microbiológicos.

Quality Control

Se estructuraron los datos biológicos en Darwin Core (DwC) como registros biológicos, mediante el uso de los elementos, definiciones y vocabularios controlados del estándar. Adicionalmente, se realizó el control de la calidad de la información de la siguiente manera: se utilizaron las rutinas diseñadas por el SiB Colombia para comparar la información biológica con el árbol taxonómico de GBIF y a partir de las sugerencias traídas, completar la información de los niveles taxonómicos y corregir errores de tipeo. A su vez, la información de las entidades político/administrativas se valido con la DIVIPOLA de Colombia y haciendo uso del software QGiS se válido la georreferenciación de las coordenadas a partir de un análisis de intersección de los puntos con las entidades geográficas y el formato de fecha se valido de acuerdo al formato ISO 8601. Finalmente, la base datos DwC se validó haciendo uso del Validador de datos - GBIF.

Method steps

1. La toma de muestras puntuales se realizó por triplicado en los puntos de monitoreo seleccionados para cada fuente hídrica (río Zulia y río Pamplonita).
2. En el río Zulia de cada uno de los 4 puntos de monitoreo (bocatoma Termotasajero, puente Zulia, distrito de riego del río Zulia (antes) y distrito de riego del río Zulia (después) se tomaron muestras por triplicado para un total de 12 muestras y en el río Pamplonita de cada uno de los 6 puntos de monitoreo (antes bocatoma, puente San Rafael, reserva de Corponor, puente San Luis, puente Anillo vial y sector “caño picho”) se tomaron muestras por triplicado para un total de 18 muestras colectadas.
3. En cada punto tanto para río Zulia como Pamplonita se tomaron muestras por triplicado de forma que tal que cada replica pudiera utilizarse para los siguientes análisis: una réplica para análisis físico-químicos, una réplica para análisis de amebas de vida libre y finalmente, una tercera réplica para análisis microbiológicos.
4. La recolección de las muestras ambientales se llevó a cabo utilizando las normas de bioseguridad apropiadas como fueron guantes, tapabocas, traje apropiado para ingreso al cauce de agua superficial y recipientes estériles para no afectar o impactar de ninguna manera en el recurso hídrico y a su vez, garantizar la confiabilidad y veracidad de los resultados obtenidos a partir de las muestras colectadas.
5. Todas las muestras colectadas se tomaron hacia el centro del cauce a una profundidad de 30 cm, sumergiendo totalmente los recipientes de vidrio estériles con capacidad de 500 ml cada uno, abriéndolos una vez estuvieron sumergidos y cerrándolos una vez llenos, también sumergidos, teniendo la precaución de no dejar ninguna cámara de aire.
6. Las muestras colectadas únicamente incluyeron agua del cauce, no se incorporó ningún otro tipo de material como lodo, hojarasca ni material de ningún otro tipo.

Este recurso contiene 18 registros de Amebas de Vida Libre (AVL) distribuidos en 9 registros del género Acanthamoeba y 9 registros del género Vermamoeba. Los protozoos se agrupan en el filo Amoebozoa, las clases Lobosa y Tubulinea, el orden Amoebida y la familia Acanthamoebidae.

1. Acanthamoeba
   rank: genus
2. Vermamoeba
   rank: genus

Este recurso contiene 15 registros de bacterias endosimbióticas asociadas a Amebas de Vida Libre (AVL) e identificadas mediante pruebas de biología molecular. Los microorganismos se agrupan en 3 ordenes y 4 familias de la clase Gammaproteobacteria. A su vez, estos se identificaron en un 53.3% a nivel de género y en un 46.7% a nivel de especie.

1. Achromobacter
   rank: genus
2. Acinetobacter
   rank: genus
3. Acinetobacter baumannii
   rank: species
4. Burkholderia cepacea
   rank: species
5. Enterobacter cloacae
   rank: species
6. Klebsiella pneumoniae
   rank: species
7. Pantoea agglomerans
   rank: species
8. Pseudomonas
   rank: genus
9. Serratia marcescens
   rank: species

Puntos de monitoreo río Zulia (Fecha de monitoreo 18 de septiembre): Bocatoma Termotasajero 7.840169, -72.642733 280m. San Cayetano - Puente Zulia 7.929843, -72.584465 196m. Puente Mariano Ospina Pérez, El Zulia - Distrito de riego del Zulia (antes) 8.709163, -72.344294 20m. Distrito de riego del río Zulia, El Zulia - Distrito de riego del Zulia (después) 8.713379, -72.344734 27m. Distrito de riego del río Zulia, El Zulia. Puntos de monitoreo río Pamplonita (Fecha de monitoreo 27 de noviembre): Antes bocatoma 7.743992, -72.549122 526m San Martín. La garita Los Patios - Puente San Rafael 7.867644, -72.501132 333m San Rafael, Cúcuta - Reserva de Corponor 7.879993, -72.492377 326m Malecón II Etapa. Riviera, Cúcuta - Puente San Luis 7.898028, -72.483611 300m San Luis, Cúcuta - Puente Anillo vial 7.925086, -72.485529 269m Anillo vial, Cúcuta - Sector Caño picho 7.945531, -72.486355 273m Caño picho, Cúcuta.