Lista de taxones en el SIRAP-EC
Citation
Ríos-Franco C, Martínez J, Pimienta C, Durán S, Olaya P, Gonzales F (2018). Lista de taxones en el SIRAP-EC. Version 3.2. WCS Colombia. Checklist dataset https://doi.org/10.15472/enegql accessed via GBIF.org on 2024-12-12.Description
Para el diseño e implementación de un SIRAP, es esencial conocer la biodiversidad regional. Este conocimiento de los patrones regionales de distribución de las especies, es importante para determinar las áreas de mayor diversidad, el grado de concentración de endemismos y los patrones de diversidad beta; es decir, la forma como cambia la composición de especies de acuerdo al gradiente altitudinal. Además, es importante tener información detallada de la distribución de las especies focales en la región. Para caracterizar los patrones de biodiversidad regional en el Eje Cafetero se tuvo como punto de partida dos bases de datos. La primera es una recopilación de la información disponible sobre las localidades de registro de las especies que conforman la biota regional (inventarios básicos). La segunda base de datos consiste en los listados de especies potenciales para cada subregión del Eje Cafetero. La fuente de la información ha sido Fundación Ecoandina y WCS, que suministraron una base de datos digital con más de 35 mil registros (que representan 6974 especies de hongos, plantas y animales). A partir de esta base de datos se originó este listado de especies.Sampling Description
Study Extent
El Sistema Regional de Áreas Protegidas del Eje Cafetero (Sirap EC) comprende los departamentos de Caldas, Quindío y Risaralda, y la porción norte del Valle del Cauca y nor-occidental del Tolima. La ecorregión del eje cafetero está delimitada geográficamente al occidente por la divisoria de aguas de la cordillera occidental; al oriente por el río Magdalena, al norte por el límite departamental de Antioquía, Caldas y Risaralda; y al sur, por los límites municipales de Chaparral (Tolima) y Tuluá, Calima-Darién (Valle del Cauca). Además, está cruzada por las cuencas de los ríos Cauca y Magdalena, y en su territorio se cuenta con prácticamente todas las expresiones de ecosistemas y pisos térmicos.Sampling
A partir de la BD-SIRAP EC Se realizó una depuración y actualización de la taxonomía seleccionando especies únicas y usando herramientas y guías sugeridas por el SiB Colombia. Entre estas herramientas se usó OpenRefine (Anteriormente conocido como GoogleRefine), esta herramienta permitió depurar los datos y actualizar la taxonomía mediante una reconciliación con la base de datos de Encyclopedia of Life (http://eol.org/).Quality Control
OpenRefineMethod steps
- La Base de Datos de Biodiversidad del SIRAP EC (BD-SIRAP EC) se gestó con el objetivo de caracterizar los patrones de biodiversidad regional en el Eje Cafetero, está se generó desde el año 2003 a partir de la recopilación de la información disponible de registros de las diferentes especies que conforman la biota regional, basada en inventarios locales realizados por las Corporaciones autónomas, informes técnicos y otra literatura. La compilación de esta información fue realizada por la fundación EcoAndina y WCS, quienes generaron una hoja de cálculo con más de 35.000 registros que representan casi 8.000 especies de hongos, plantas y animales hasta el año 2006. En el año 2009, el Sistema de Información Regional (SIR), en conjunto con la Universidad Tecnológica de Pereira (UTP) desarrolló la plataforma de administración y manejo de la información la plataforma de software libre POSTGRESQL en el servidor del SIR como nodo del Sistema de Información en Biodiversidad (SIB) de Colombia; esta plataforma permitiría a los diferentes usuarios de la base hacer búsquedas y consultas por especies, registros y localidades, visualizar estas localidades espacialmente en mapas, ingresar nuevos registros y vincularse con el SIB Colombia. La plataforma estuvo al aire por un corto tiempo sin modificaciones y/o actualizaciones. Actualmente se puede acceder solo a la página de inicio en la dirección http://www.sirideec.org.co/biodiversidad/. En el año 2011 WCS Colombia realizó una actualización de esta base de datos y ahora cuenta con 35356 Es del interés del comité técnico del SIRAP-EC que esta base de datos quede disponible para todos los usuarios que la requieran y es por eso que en el marco de este convenio se busca garantizar el libre acceso a esta información de la mejor manera posible esta información mediante las herramientas provistas por el SiB Colombia. El SiB Colombia es una iniciativa de país que tiene como propósito brindar acceso libre a información sobre la diversidad biológica del país para la construcción de una sociedad sostenible. Esta iniciativa facilita la publicación en línea de datos sobre biodiversidad y su acceso a una amplia variedad de audiencias, apoyando de forma oportuna y eficiente la gestión integral de la biodiversidad. El esquema de publicación del SiB Colombia es un servicio gratuito que está soportado por la herramienta IPT (Integrated Publishing Toolkit, por sus siglas en Inglés), una aplicación web de código abierto desarrollada por la Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad (GBIF) y que ha sido personalizadas por el SiB Colombia para publicar y registrar recursos (conjuntos de datos con sus metadatos asociados). Bajo este esquema de gestión, el SiB Colombia ofrece 3 mecanismos de administración de los conjuntos de datos : 1. Los recursos del publicador quedan alojado en el IPT SiB Colombia, dispuesta en la infraestructura informática del SiB Colombia. 2. Los recursos permanecen bajo la custodia del publicador, en un IPT institucional, temático o regional, alojado en la infraestructura informática del SiB Colombia. 3. Los recursos permanecen bajo el control y en la ubicación del publicador (IPT alojado en la infraestructura de la entidad administradora). Para el SIRAP-EC se optó por la segunda opción, ya que es una forma de impulsar y crear identidad del Sistema, aprovechando la infraestructura informática del SiB Colombia y su soporte técnico en la creación y administración del IPT. Actualmente se encuentra creado el IPT del SIRAP-EC y se puede consultar en http://ipt.sibcolombia.net/sirap-ec
Additional info
La BASE DE DATOS DE BIODIVERSIDAD proyecto SIRAP-EC originalcontiene la siguiente anotación: Esta es una continuación de las bases de datos de biodiversidad que se ralizó hasta el 2003 por Jesús Martínez, la cual comprende registrso transcritos por Cleopatra Pimienta y Sandra Durán. Esta base fue revisada y depurada por Paola Olaya durante el año 2004. También se encuentra un archivo del programa EndNote, que es una continuación de las referencias bibliográficas de los documentos transcritos hsata el año 2003 y que incluye también referencias transcritas por Cleopatra Pimienta, Sandra Durán y Jesús Martínez. Los registros provienen de diferentes documentos que fueron revisados en busca de grupos taxonómicos que se encuentren dentro de los límites geográficos que comprende el proyecto SIRAP-EC. Estas son las páginas web consultadas para verificar la nomenclatura de los registros de la Base de Datos de Biodiversidad del SIRAP EC. PLANTAS y HONGOS http://www.mobot.org/search.asp http://mobot.mobot.org/W3T/Search/vast.html http://mobot.mobot.org/Pick/Search/most.html http://www.inbio.ac.cr/bims/PLANTAE.html AVES http://www.aou.org/checklistsouth.php3 MAMÍFEROS Artículo: Alberico, M.., A. Cadena, J. Hernádez-Camacho & Y. Muñoz-Saba. 2000. Mamíferos (Synapsida: Theria) de Colombia. Biota Colombiana 1 (1) 43-75. http://www.itis.usda.gov/ ANFIBIOS http://www.itis.usda.gov/ http://research.amnh.org/herpetology/amphibia/names.php?year=1989 http://www.amphibiaweb.org/aw/search/index.html http://www.livingunderworld.org/anura/database/entries/ REPTILES http://www.itis.usda.gov/ http://www.sb-roscoff.fr/scripts/protist.php?func=integrate&myID=R106&chinese_flag=&system=&version= PESCES http://www.fishbase.org/search.php?lang=English VARIOS http://www.itis.usda.gov/ JERARQUÍAS TAXONÓMICAS http://www.itis.usda.gov/ http://www.inbio.ac.cr/bims/BIMS.html http://zipcodezoo.com/animals/ Para dar número de registro (Columna Id): Sortear por: #EndNote Año Mes Se realizó la división de la base de datos en varios archivos de excel, de acuerdo a la jerarquía taxonómica "Clase" asi: AMPHIBIA, AVES, MAMIFEROS, REPTILES, PISCES, PLANTAS, INSECTA y VARIOS. Para cada grupo taxonómico, se complementó la información de las jerarquías taxonómicas, se arregló la ortografía, se hicieron anotaciones de los casos de sinonimias y de nombres que no se encontraron. Posterior a esta revisión, se agregó una columna más que se denominó “Id”, en la cual se colocó un código a cada registro de la base de datos. Este código está compuesto por algunas de las letras del grupo taxonómico y cinco dígitos, empezando a la numeración 00001; por ejemplo, para aves fue: Av00001, para mamíferos fue Mam00001. Luego de este proceso, se volvió a unificar la base de datos cuyo nombre de archivo de excel es SIRAP_BD-EC_2006 Nota: con respecto a insectos, por recomendación de Carlos Valderrama, despues de haber organizado los registros por género y especie, solo se revisaron 890 registros de 3416 (hasta iniciar los géneros que empiezan con la letra “D”). Esto se hizo debido a que a diferencia de los otros grupos taxonómicos, no se pudo enontrar una o máximo tres fuentes de internet para revisar la nomenclatura. Las siguientes fueron las páginas web consultadas para revisar la nomenclatura de insectos: http://www.itis.usda.gov/ http://www.inbio.ac.cr/bims/k02/p05/c029.htm http://zipcodezoo.com/animals/ http://pick5.pick.uga.edu/mp/20q?search=Insecta http://www-museum.unl.edu/research/entomology/Guide/Guide-introduction/search/search.html http://www.nearctica.com/nomina/nomina.htm http://www.zoologi.su.se/research/wahlberg/Nymphalidae/Nymphalidae.htm http://216.73.242.84/scarabnet/results.htm http://www.zoologi.su.se/research/wahlberg/nymphalidae/SAspecies.htm http://www.nic.funet.fi/index/Tree_of_life/insecta/index.html http://species.wikimedia.org/wiki/Main_Page http://fr.wikipedia.org/wiki/AccueilTaxonomic Coverages
Este conjunto de datos documenta los taxones encontrados en diferentes estudios llevados a cabo en los límites del SIRAP Eje Cafetero, la cual incluye los reinos Plantae, Animalia, Fungi y Protozoa. Los niveles de identificación cambian de acuerdo al estudio.
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Plantaerank: kingdom
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Fungirank: kingdom
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Animaliarank: kingdom
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Protozoarank: kingdom
Geographic Coverages
El Sistema Regional de Áreas Protegidas del Eje Cafetero (Sirap EC) es un proceso de planeación que incorpora conceptos de ordenamiento territorial, participación, conservación, coordinación interinstitucional, gestión ambiental y desarrollo territorial para la Ecorregión del Eje Cafetero (conformada por los departamentos de Caldas, Quindío y Risaralda, el norte del Valle del Cauca y el noroccidente del Tolima)
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