DFO Quebec Region Biodiversity of the Planning for Integrated Environmental Response Coastal Survey in the St. Lawrence Estuary and Gulf (2017-2021)

Study Extent

Samples were collected over a large extent of the coastal zone (≤10 m) of the Estuary and the Gulf of St. Lawrence. More precisely, the dataset includes observations from the Estuary of the St. Lawrence, the northern Gulf of the St. Lawrence as far east as Natashquan (Minganie), the Gaspé Peninsula and Baie-des-Chaleurs. Sampling locations were determined using a directed sampling protocol whose primary goal was to gather data useful to mapping large seaweed and eelgrass beds. Sampling locations were identified using aerial photographs and selected based on a number of factors including the presence of a poorly photo-interpretable substrate type or macroalgae cover, presence of a nearby water access point (usually less than 15 km) and the absence of pre-existing data for the given locality. Sampling locations were usually sampled once and distance between both samples and sample groupings (usually clustered around a water access point) was not controlled. / Les échantillons ont été recueillis sur une grande étendue de la zone côtière (≤10 m) de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent. Plus précisément, le jeu de données comprend des observations de l’estuaire du Saint-Laurent, du nord du golfe du Saint-Laurent jusqu’à Natashquan (Minganie), de la Gaspésie et de la Baie-des-Chaleurs. Les lieux d’échantillonnage ont été déterminés à l’aide d’un protocole d’échantillonnage dirigé dont le but premier était de recueillir des données utiles à la cartographie des grands bancs d’algues et de zostère. Ils ont été identifiés à l’aide de photographies aériennes et sélectionnés en fonction d’un certain nombre de facteurs, notamment la présence d’un type de substrat ou d’une couverture de macroalgues peu photo-interprétable, la présence d’un point d’accès à l’eau à proximité (habituellement moins de 15 km) et l’absence de données préexistantes pour la localité donnée. Les lieux d’échantillonnage ont généralement été échantillonnés une seule fois et la distance entre les échantillons et les groupes d’échantillons (généralement regroupés autour d’un point d’accès à l’eau) n’a pas été contrôlée.

Sampling

Samples were underwater images normally recorded as videos using a GoPro Hero action camera installed on a pole and placed near the seabed from a small boat. Video recordings consisted of two slow rotations, one near the bottom and a second above the canopy. The former supplied detailed images of the organisms to be identified while the latter provided a broader view of the ecosystem. Recorded depths were reduced to chart datum by the Canadian Hydrographic Service. Images were observed by a team of trained observers. Organisms were identified to the lowest taxonomic level possible. However, in some instances, identification to a relevant higher level was not possible. In such cases, the organisms, usually macroalgae, were informally categorized by colour and form (see verbatimIdentification). The lowest taxonomic level possible was then attributed to the given category. Identification notes are presented in the identificationRemarks field and include taxonomic classification decisions and uncertainties when considered pertinent. A visual dictionary (unilingual french only) was developed as an identification aid and accompanies this dataset (https://open.canada.ca/data/en/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). More data, including a visibility index, estimated macroalgae and eelgrass cover, substrate type and dominant macroalgae and animals were recorded but not included in this dataset. These data may be made available upon request. A forthcoming DFO technical report provides more details. / Les échantillons étaient des images sous-marines normalement enregistrées sous forme de vidéos à l’aide d’une caméra d’action de type GoPro Hero installée sur une perche et placée près du fond de la mer à partir d’une petite embarcation. Les enregistrements vidéo consistaient en deux rotations lentes, une près du fond et une seconde au-dessus de la canopée. La première fournissait des images détaillées des organismes à identifier tandis que la seconde offrait une vue plus large de l’écosystème. Les profondeurs enregistrées ont été réduites au zéro des cartes par le Service hydrographique du Canada. Les images ont été observées par une équipe d’observateurs formés. Les organismes ont été identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible. Dans certains cas, l’identification à un niveau supérieur pertinent n’était pas possible. Dans ces cas, les organismes, généralement des macroalgues, ont été classés de manière informelle par couleur et forme (voir verbatimIdentification). Le niveau taxonomique le plus bas possible a alors été attribué à la classe établie. Les notes d’identification sont présentées dans le champ identificationRemarks et incluent les décisions de classification taxonomique et les incertitudes lorsqu’elles sont jugées pertinentes. Un dictionnaire visuel a été développé comme aide à l’identification et accompagne cet ensemble de données (https://open.canada.ca/data/fr/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). D’autres données, notamment un indice de visibilité, une estimation de la couverture de macroalgues et de zostère, le type de substrat et les macroalgues et animaux dominants ont été enregistrés, mais ne sont pas inclus dans ce jeu de données. Ces données peuvent être mises à disposition sur demande. Un rapport technique du MPO à venir fournit plus de détails .

Quality Control

Taxonomic names were verified on the World Register of Marine Species (WoRMS) to match recognized standards. The WoRMS match has been put in the scientificNameID field in the occurrence file. Data quality control was performed using the R packages obistools and worrms. All sampling locations were plotted on a map to perform a visual check confirming that the latitude and longitude coordinates were within the described sampling area. / Tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ scientificNameID du fichier d’occurrence. Le contrôle de la qualité des données a été effectué à l’aide des paquets R obistools et worrms. Tous les emplacements d’échantillonnage ont été reportés sur une carte afin d’effectuer un contrôle visuel confirmant que les coordonnées de latitude et de longitude se trouvaient dans la zone d’échantillonnage décrite.

Method steps

1. The organisms were identified from underwater images using a combination of identification guides and journal articles. The main resources are listed in the bibliographic citations section. / Les organismes ont été identifiés à partir d'images sous-marines en utilisant une combinaison de guides d'identification et d'articles scientifiques. Les principales ressources sont énumérées dans la section des citations bibliographiques.
2. A visual dictionary was developed as an identification aid and accompanies this dataset (https://open.canada.ca/data/en/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). / Un dictionnaire visuel a été développé comme outil d’aide à l’identification et accompagne ce jeu de données (https://open.canada.ca/data/fr/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51).
3. Records were extracted from the PIER Quebec region underwater imagery database using SQL. / Les enregistrements ont été extraits de la base de données d’imagerie sous-marine du PIEI, région du Québec en utilisant SQL.

Organisms are identified at the lowest possible level. / Les organismes sont identifiés au niveau le plus bas possible.

1. Actiniaria
   rank: order
2. Actiniidae
   rank: family
3. Actinopterygii
   rank: superclass
4. Agarum clathratum
   rank: species
5. Ahnfeltia
   rank: genus
6. Alaria esculenta
   rank: species
7. Ammodytes
   rank: genus
8. Amphipoda
   rank: order
9. Animalia
   rank: kingdom
10. Arenicola marina
    rank: species
11. Ascidiacea
    rank: class
12. Ascophyllum nodosum
    rank: species
13. Asterias rubens
    rank: species
14. Asteroidea
    rank: class
15. Aulactinia stella
    rank: species
16. Aurelia
    rank: genus
17. Balanoidea
    rank: superfamily
18. Bangiaceae
    rank: family
19. Biota
    rank: kingdom
20. Bivalvia
    rank: class
21. Bryozoa
    rank: phylum
22. Buccinidae
    rank: family
23. Cancer irroratus
    rank: species
24. Caprellidae
    rank: family
25. Caridea
    rank: infraorder
26. Catablema vesicarium
    rank: species
27. Ceramiales
    rank: order
28. Chaetomorpha
    rank: genus
29. Chlorophyta
    rank: phylum
30. Chondrus crispus
    rank: species
31. Chorda
    rank: genus
32. Chordaria
    rank: genus
33. Cnidaria
    rank: phylum
34. Corallina officinalis
    rank: species
35. Corallinophycidae
    rank: subclass
36. Cottidae
    rank: family
37. Crangon septemspinosa
    rank: species
38. Crossaster papposus
    rank: species
39. Ctenophora
    rank: phylum
40. Cucumaria frondosa
    rank: species
41. Cyanea
    rank: genus
42. Cyclopterus lumpus
    rank: species
43. Demospongiae
    rank: class
44. Dendronotus
    rank: genus
45. Desmarestia
    rank: genus
46. Devaleraea ramentacea
    rank: species
47. Echinarachnius parma
    rank: species
48. Ectocarpales
    rank: order
49. Ensis leei
    rank: species
50. Euspira heros
    rank: species
51. Florideophyceae
    rank: class
52. Fucaceae
    rank: family
53. Fucus
    rank: genus
54. Fucus distichus subsp. edentatus
    rank: subspecies
55. Fucus distichus subsp. evanescens
    rank: subspecies
56. Fucus vesiculosus
    rank: species
57. Gadus
    rank: genus
58. Gasterosteidae
    rank: family
59. Gastropoda
    rank: class
60. Gersemia rubiformis
    rank: species
61. Halcampa duodecimcirrata
    rank: species
62. Halichondria (Eumastia) sitiens
    rank: species
63. Haliclona (Haliclona) oculata
    rank: species
64. Halocynthia pyriformis
    rank: species
65. Halosiphon tomentosus
    rank: species
66. Henricia
    rank: genus
67. Hildenbrandia
    rank: genus
68. Hirudinea
    rank: subclass
69. Homarus americanus
    rank: species
70. Hyas
    rank: genus
71. Hydrozoa
    rank: class
72. Idotea
    rank: genus
73. Laminaria digitata
    rank: species
74. Laminariaceae
    rank: family
75. Laminariales
    rank: order
76. Leptasterias (Hexasterias) polaris
    rank: species
77. Liparis
    rank: genus
78. Littorina
    rank: genus
79. Mesodesma arctatum
    rank: species
80. Metridium senile
    rank: species
81. Morone saxatilis
    rank: species
82. Mya
    rank: genus
83. Mysidae
    rank: family
84. Mytilus
    rank: genus
85. Myxicola
    rank: genus
86. Nucella lapillus
    rank: genus
87. Ophiopholis aculeata
    rank: species
88. Pagurus
    rank: genus
89. Palmaria palmata
    rank: species
90. Phaeophyceae
    rank: class
91. Pholis gunnellus
    rank: species
92. Phycodrys
    rank: genus
93. Phyllophoraceae
    rank: family
94. Placopecten magellanicus
    rank: species
95. Pleuronectidae
    rank: family
96. Polychaeta
    rank: class
97. Polyides rotunda
    rank: species
98. Pseudobonellia iraidii
    rank: species
99. Psolus fabricii
    rank: species
100. Psolus phantapus
     rank: species
101. Ptiloteae
     rank: tribe
102. Ptychogena lactea
     rank: species
103. Ralfsiales
     rank: order
104. Rhodophyta
     rank: phylum
105. Saccharina latissima
     rank: species
106. Saccharina longicruris
     rank: species
107. Saccorhiza dermatodea
     rank: species
108. Scomber scombrus
     rank: species
109. Scytosiphonaceae
     rank: family
110. Sertulariidae
     rank: family
111. Solaster endeca
     rank: species
112. Spirorbinae
     rank: subfamily
113. Stauromedusae
     rank: order
114. Staurostoma mertensii
     rank: species
115. Stichaeus punctatus
     rank: species
116. Stomphia coccinea
     rank: species
117. Strongylocentrotus droebachiensis
     rank: species
118. Tautogolabrus adspersus
     rank: species
119. Terebellidae
     rank: family
120. Terebratulina septentrionalis
     rank: species
121. Testudinalia testudinalis
     rank: species
122. Tonicellidae
     rank: family
123. Tubulariidae
     rank: family
124. Zirfaea crispata
     rank: species
125. Zoarces americanus
     rank: species
126. Zostera marina
     rank: species

The Estuary and the Gulf of St. Lawrence (Quebec region). The dataset includes observations from the Estuary of the St. Lawrence, the northern shore of the Gulf of St. Lawrence as for east as Natashquan (Minganie), the Gaspé Peninsula and Baie-des-Chaleurs. / L’estuaire et le golfe du Saint-Laurent (région du Québec). Le jeu de données comprend des observations de l’estuaire du Saint-Laurent, de la rive nord du golfe du Saint-Laurent jusqu’à Natashquan (Minganie), de la Gaspésie et de la Baie-des-Chaleurs.