The InBIO Barcoding Initiative Database: Portuguese Bats (Chiroptera)

Hugo Rebelo; Sónia Ferreira; Francisco Amorim; Pedro Horta; Helena Raposeira; Helena Santos; Pedro Beja; Pedro Sousa; Vanessa Mata

doi:10.15468/a4r5x9

The InBIO Barcoding Initiative Database: Portuguese Bats (Chiroptera)

Citation

Rebelo H, Ferreira S, Amorim F, Horta P, Raposeira H, Santos H, Beja P, Sousa P, Mata V (2021). The InBIO Barcoding Initiative Database: Portuguese Bats (Chiroptera). Version 1.4. CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources) Portugal. Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/a4r5x9 accessed via GBIF.org on 2024-11-03.

Description

The dataset contains 63 records of Chiroptera species collected in continental Portugal and was published by Rebelo et al (2020)". Twenty-six bat species currently known for continental Portugal are represented including the first record of Myotis alcathoe for the country. Bat samples were collected under the scope of several projects spanning from 2005 to 2018. All bats were captured during mist-netting sessions or using harp-traps at roost exits. A non-lethal 3mm wing punch was collected from several individuals and stored in 96% ethanol from where DNA was extracted. The DNA barcoding of these samples was conducted within the InBIO Barcoding Initiative (IBI), funded by EnvMetaGen and PORBIOTA projects. DNA barcode sequences were deposited in BOLD (Barcode of Life Data System) online database. DNA extractions are deposited in the IBI collection at the CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources).

Purpose

The InBIO Barcoding Initiative (IBI) aims to develop a reference collection of DNA barcoding sequences primarily covering Portuguese invertebrate taxa providing a tool in ecological studies.

Sampling Description

Study Extent

Samples were collected in 31 different sites of continental Portugal. Sampling was conducted from 2005 to 2018. Most specimens (76.2%) were collected in the years 2013 and 2016.

Sampling

Specimens resulted from field work directed specifically for the sampling of Chiroptera using mist-nets or harp-traps at roost exits.

Quality Control

To each sample the morphological identification was contrasted with the results of the Blast of the newly generated DNA barcodes in BOLD Identification Engine.

Method steps

Samples were collected from bats captured using mist-nets or harp-traps at roost exits and identified morphologically by experts. A non-lethal 3mm wing punch was collected each individual and stored in 96% ethanol from where DNA was extracted and COI DNA barcode fragment was sequenced. Prior submission to GBIF, data was checked for errors and inconsistencies with OpenRefine 3.2 (http://openrefine.org/).

Taxonomic Coverages

This dataset is composed entirely of data relating to 63 Chiroptera records. Sixty-three specimens were determined to species level. Overall, 26 species are represented in the dataset. These species belong to three families, the majority of which belong to the Vespertilionidae (21 species or 80.8%), with additional representatives from Rhinolophidae (4 species) and a single species in the Molossidae. Vespertilionidae also accounts for almost ninety percent (88.9%) of all collected samples, Rhinolophidae (9.5%) and a single sample was collected from the Molossidae family.

Animalia
rank: kingdom
Chordata
rank: phylum
Mammalia
rank: class
Chiroptera
rank: order
Molossidae
rank: family
Rhinolophidae
rank: family
Vespertilionidae
rank: family

Geographic Coverages

Continental Portugal

Bibliographic Citations

Rebelo, H., Ferreira, S., Amorim, F., Horta, P., Raposeira, H., Santos, H., Beja, P. & Mata, V.A. (2020). Hidden in our pockets: building of a DNA barcode library unveils the first record of Myotis alcathoe for Portugal. Biodiversity Data Journal, 8: e54479. https://doi.org/10.3897/BDJ.8.e54479 - https://doi.org/10.3897/BDJ.8.e54479

Contacts

Hugo Rebelo
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Vairão
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Sónia Ferreira
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Francisco Amorim
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Pedro Horta
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Helena Raposeira
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Helena Santos
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Pedro Beja
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Pedro Sousa
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Vanessa Mata
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Hugo Rebelo
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Sónia Ferreira
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Francisco Amorim
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Pedro Horta
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Helena Raposeira
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Helena Santos
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Pedro Sousa
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