Biobanco de Cryptococcus del Instituto Nacional de Salud

Study Extent

Instituto Nacional de Salud de Colombia

Sampling

Modelado ecológico para Colombia: El algoritmo genético para la producción de conjuntos de reglas (GARP) se utilizó para crear modelos para Cryptococcus neoformans ( C. neoformans) y Cryptococcus gattii ( C. gattii ), con base en datos de muestreo ambiental y registros clínicos registrados desde 1987. Dispersión clonal: Este estudio caracterizó el genotipo y fenotipo de Cryptococcus gattiiaislamientos VGII de Cúcuta, una región endémica de la enfermedad criptocócica en Colombia, y compararon estos rasgos con los de aislamientos representativos del brote de la isla de Vancouver (VGIIa y VGIIb). La diversidad genética se evaluó mediante análisis de tipificación de secuencias multilocus (MLST). Se estudiaron las características fenotípicas, incluida la capacidad de crecimiento en diferentes condiciones de temperatura y humedad, la morfología macroscópica y microscópica, el cambio fenotípico, el tipo de apareamiento y la actividad de las enzimas extracelulares. La virulencia se estudió in vivo en un modelo de ratón

Method steps

1. Modelado ecológico para Colombia: Los datos ambientales y clínicos se administraron en una tabla de Excel (Microsoft Corp, Redmond, WA, EE. UU.) y se importaron a un SIG (ArcGIS 10.0, Redlands, CA, EE. UU.) para su mapeo y análisis. Las coordenadas aproximadas de latitud y longitud desde donde se recolectaron las muestras ambientales se derivaron de Google Maps (Google, Mountain View, CA, EE. UU.).
2. Los datos de muestreo ambiental se obtuvieron de la información recopilada por el Grupo Colombiano de Microbiología del Instituto Nacional de Salud para el período 1987-2011; además, se realizó un muestreo ambiental extenso en 13 departamentos geográficos de Colombia durante los años 2012-2014 con el fin de aumentar la cantidad de puntos de datos de entrada para respaldar el modelo de nicho ecológico.
3. El muestreo ambiental consistió en recolectar material vegetal de diferentes especies de árboles y muestras biológicas de excretas de aves. El muestreo se realizó en ciudades donde se habían reportado casos de criptococosis, específicamente en parques y áreas urbanas con alta densidad de especies de árboles nativos e introducidos, así como lugares donde se observó la presencia de excrementos de aves. Además, se incluyó un caso veterinario de un Canis lupus familiaris. Los casos clínicos registrados en la Encuesta Nacional de Epidemiología (un sistema pasivo de vigilancia de enfermedades) fueron geocodificados a su dirección de residencia.
4. Las muestras se procesaron mediante técnicas convencionales, inoculando el sobrenadante en placas de agar Guizottia abyssinica suplementadas con Byphenil y antibióticos. Las placas se observaron diariamente durante un mes, y las colonias marrones sospechosas se sembraron en placas de agar con glucosa Sabouraud para una mayor caracterización fenotípica y determinación de especies.
5. Dispersión clonal: Se estudiaron trece aislamientos clínicos de C. gattii VGII serotipo B de Cúcuta, recuperados durante un período de quince años (1993–2008) y mantenidos en la colección del Instituto Nacional de Salud en Bogotá, Colombia. Dos aislamientos de C. gattii serotipo B ENV152 (WM 02.22, representante de VGIIa) y RB28 (WM 02.301, representante de VGIIb) del brote de la isla de Vancouver, obtenidos del Molecular Mycology Research Laboratory, University of Sydney en Westmead Institute for Medical Research, Australia, también se incluyeron para comparar características fenotípicas y genotípicas con cepas de un brote bien informado, para identificar puntos en común y/o diferencias entre los dos escenarios. De los aislamientos de Cúcuta, seis fueron previamente caracterizados por MLST, y de estos, uno (H0058-I-1278 = WM 05.275) por secuenciación del genoma completo (WGS). Esta es la primera vez que todos los aislamientos se caracterizaron mediante métodos fenotípicos y genotípicos y se compararon con los rasgos de los subtipos responsables del brote en la isla de Vancouver.

Este conjunto de datos comprende 7.209 registros biológicos. Se encuentran distribuidos en el reino Fungi, filo Basidiomycota, clase Tremellomycetes, orden Tremellomycetes y familia Tremellaceae. El 100% está clasificado a nivel de género.

1. Cryptococcus
   rank: genus

Las muestras recolectadas se procesaron y analizaron en el Instituto Nacional de Salud, sede Teusaquillo, Avenida calle 26 No. 51-20