GBIF系统发生资源管理器在豆科植物数据门户网站首次亮相

实验工具通过使揭示物种之间进化关系的数据获取、评议、比较和下载成为可能,来支持系统发生学方面的合作研究

bg-img-news-phylogeny

GBIF在豆科植物数据门户网站上推出了一款新的系统发生资源管理器,这是豆科植物系统发育基因组工作组的一个项目。 为支持2023年8月6日在巴西皮雷诺波利斯举行的第8届国际豆科植物大会 (8ILC) 的开幕主题演讲,该可视化工具提供了出自GBIF网络物种发生数据的新视图,并根据当前关于大型世界性植物豆科中物种间进化关系的系统发生证据对其进行了组织。

该实验工具的默认视图显示的是与一项最近发表的苏木亚科豆科植物物种的系统发生 (Ringelberg et al. 2023) 相一致的GBIF介导的发生数据。 使用者可以浏览和选择位于树梢的1860个物种的记录,以及位于树枝连接处的一些高阶分类群的记录。 所有分类群都与GBIF主干分类法相匹配,因此系统发生中显示的任何单个物种的图都与GBIF.org上的物种图相对应。

该浏览器的新颖之处在于,只需点击一下,其就能绘制一整个进化枝或由一个共同祖先联系起来的一组分类群的发生。 使用者还可以选择和比较多个进化枝,包括密切相关的姐妹进化枝,浏览系统发生树,更改图的视图和颜色,以及下载他们选择的发生记录。 这项正在进行的研发工作是基于从两个前身项目PhyloJivePhyloLink吸取的经验教训。

“该系统发生资源管理器展示了一个庞大的、具有重要生态意义且发布于全球的科,可以作为全世界分类学家的一个测试案例,“蒙特利尔大学的Anne Bruneau表示。 “我们的工作组作为一个社群自2010年以来一直致力于促进和传播有关豆科植物系统分类学、分类学和生物多样性的研究,所以我们对这些进展感到非常兴奋。“

该豆科植物数据门户网站由Canadensys和GBIF支持,作为GBIF的托管门户服务的一个实例运行。 工作组成员使用该浏览器的早期版本来支持社群管理,从而发布了社群认可的全球豆科植物检查表的第一版,该检查表提高了发生、生物多样性和分类数据的准确性。 在首次公开发布之后,计划进一步开发和建立合作伙伴关系,因此非常欢迎使用者通过phylogeny@gbif.org提出意见和反馈。

“我相信,实现这种基于DNA分类的视角转变会为研究开辟新的途径,”GBIF执行秘书Joe Miller表示。 “而同样令人兴奋的是,这项技术研发工作有望直接支持与政策相关的系统发生多样性指标。“