Herbario virtual bosques secos de Colombia - Sección herbario ICESI

Study Extent

Ejemplares de bosque seco del herbario ICESI de la Universidad ICESI, ubicado en ciudad de Cali (Valle del Cauca).

Sampling

Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco tropical del herbario ICESI que fueron digitalizados y publicados en el recurso electrónico "Herbario ICESI" y compartidos en el "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia", a través de FlickR. Los exicados fueron seleccionados por la localidad en la que fueron colectados (la cual debe pertenecer a bosque seco tropical). Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y fueron extraídos de la misma para transportarlos al laboratorio de fotografía.

Quality Control

En cada una de las actividades desarrolladas durante la digitalización de especímenes de herbario se realiza control de calidad. El control de calidad usualmente se efectúa mediante la selección y el examen de las imágenes en intervalos regulares, las imágenes seleccionas son evaluadas en el enfoque, la exposición correcta, manchas, desajustes entre los nombres de los archivos, valor del código de barras o numero de identificación y otros signos evidentes de error al inspeccionar. Este control se realiza de la siguiente manera: 1. Se realiza el curado y actualización nomenclatural de los ejemplares seleccionados para la digitalización mediante el uso de bases de datos virtuales como The Plant List, trópicos, El catálogo de la vida, IPNI, entre otros 2. El control de calidad de las imágenes se realiza en un solo espacio y un solo computador con dos monitores, preferiblemente calibrados, para asegurar una visualización óptima. Este control debe llevarse a cabo aproximadamente cada 20 imágenes. 3. Los archivos de imagen son visualizados utilizando el software de edición de imágenes de la cámara (Digital Photo Professional). 4. Las imágenes se magnifican a 100% para verificar que contengan todos los elementos necesarios (reglilla, tarjeta de color, etiqueta completa), la calidad requerida, confirmar el enfoque, la exposición correcta, manchas o rayas, desajustes entre los nombres de los archivos y valor del código de barras del espécimen. Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos geográficos: country, stateProvince y county;

Method steps

1. La digitalización de especímenes se refiere a la captura fotográfica y el registro de información de especímenes o colecciones. Típicamente los especímenes incluyen etiquetas y notas de campo que contienen información sobre el evento de colecta (Ejemplo: Nombre del colector, fechas, localidad, etc.) determinaciones taxonómicas y números de catálogo o identificadores. La digitalización de la información de las etiquetas incluye captura del texto como caracteres, y almacenamiento de esta información en bases de datos, igualmente la digitalización también incluye la captura de imágenes digitales. El proceso de digitalización incluye las siguientes tareas: 1. Curado y pre-digitalización 2. Captura de imágenes (fotografía de especímenes y etiquetas) 3. Procesamiento de las imágenes 4. Captura electrónica de los datos 1. CURADO Y PRE-DIGITALIZACIÓN Constituye el primer paso en la digitalización de especímenes y brinda la oportunidad de realizar las siguientes actividades: -Inspeccionar y restaurar los especímenes dañados y evaluar la salud de la colección. -Tratar las pestes. -Descubrir especímenes perdidos pertenecientes a otras instituciones o tipos no conocidos en la colección. -Actualizar las determinaciones taxonómicas. -Reorganizar los contenidos de los gabinetes o compactadores. -Seleccionar los ejemplares para la digitalización. -Adjuntar un identificador único (código de barras) a cada espécimen. 2. CAPTURA DE IMÁGENES (fotografía de especímenes y etiquetas) La captura de imágenes consiste en fotografiar los ejemplares codificados previamente y descargar las imágenes en el computador destinado para la edición y marcaje. Durante el proceso de fotografía de una familia se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. A continuación se explican los pasos y se dan las instrucciones necesarias para el proceso de Captura de imagen. La captura de imágenes generalmente requiere: -Pre-configuración e iniciación de los equipos. -Organización de los especímenes que serán fotografiados. -Toma de la imagen. -Descarga y almacenamiento de la imagen. -Captura del código de barras. -Mover el espécimen a una nueva estación o incluirlo nuevamente en la colección. 3. PROCESAMIENTO DE LAS IMÁGENES El procesamiento de las imágenes incluye todas las tareas o grupo de tareas desarrolladas sobre una imagen, seis tareas son las más comunes: 1. Control de calidad. 2. Procesamiento de la imagen. 3. Conversión de archivos. 4. Copia de Seguridad. Durante el procesamiento de la imagen se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. Para este proceso se parte de la fotografía descargada en rutas preestablecidas. 4. CAPTURA ELECTRÓNICA DE LOS DATOS La captura electrónica de datos involucra la extracción de datos de las etiquetas y la digitalización de estos datos en una base de datos electrónica. Según este protocolo la captura de datos debe ser después de la captura de la imagen. En las colecciones donde una gran cantidad especímenes son fotografiados, los datos son tomados directamente de las imágenes, reduciendo las posibilidades de daño en los múltiples viajes de los especímenes. Existen muchas formas de capturar la información de las etiquetas de herbario, pero la más común es mediante la digitalización directa en una plantilla estándar, como las ofrecidas por el formato Darwin Core. En nuestro proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia” trabajaremos con las plantillas DwC para la documentación de registros biológicos. Esta plantilla se encuentra adjunta a este documento. El estándar Darwin Core (Versión 2011-10-26) está conformado por 175 elementos, de los cuáles solo cinco son obligatorios (ID del registro biológico, base del registro, código de la institución, código de la colección, número de catálogo). Nosotros trabajaremos con elementos comunes y elementos de extensión que incluirán información sobre las imágenes y los rasgos funcionales tomados de los especímenes de herbario.

Por medio de la búsqueda de especímenes pertenecientes a Bosque Seco Tropical de Colombia, depositados en el herbario ICESI, de la Universidad ICESI, se consolidaron 2000 registros de ejemplares botánicos correspondientes a 154 familias, 607 géneros y 1077 especies. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies y las actualizaciones nomenclaturales se realizaron con base en los datos proporcionados en los recursos The Plant List (http://www.theplantlist.org/), Tropicos (http://www.tropicos.org/) y IPNI (http://www.ipni.org/)

1. Anacardiaceae
   rank: family
2. Amaranthaceae
   rank: family
3. Acanthaceae
   rank: family
4. Achariaceae
   rank: family
5. Achatocarpaceae
   rank: family
6. Actinidiaceae
   rank: family
7. Adoxaceae
   rank: family
8. Aizoaceae
   rank: family
9. Alismataceae
   rank: family
10. Amaranthaceae
    rank: family
11. Amaryllidaceae
    rank: family
12. Anacardiaceae
    rank: family
13. Annonaceae
    rank: family
14. Apiaceae
    rank: family
15. Apocynaceae
    rank: family
16. Aquifoliaceae
    rank: family
17. Araceae
    rank: family
18. Araliaceae
    rank: family
19. Arecaceae
    rank: family
20. Aristolochiaceae
    rank: family
21. Asclepiadaceae
    rank: family
22. Asparagaceae
    rank: family
23. Asteraceae
    rank: family
24. Athyriaceae
    rank: family
25. Balanophoraceae
    rank: family
26. Basellaceae
    rank: family
27. Bignoniaceae
    rank: family
28. Bixaceae
    rank: family
29. Blechnaceae
    rank: family
30. Bombacaceae
    rank: family
31. Boraginaceae
    rank: family
32. Brassicaceae
    rank: family
33. Bromeliaceae
    rank: family
34. Burseraceae
    rank: family
35. Cactaceae
    rank: family
36. Calophyllaceae
    rank: family
37. Campanulaceae
    rank: family
38. Cannabaceae
    rank: family
39. Capparaceae
    rank: family
40. Caprifoliaceae
    rank: family
41. Caricaceae
    rank: family
42. Cecropiceae
    rank: family
43. Celastraceae
    rank: family
44. Chloranthaceae
    rank: family
45. Chrysobalanaceae
    rank: family
46. Cleomaceae
    rank: family
47. Clethraceae
    rank: family
48. Clusiaceae
    rank: family
49. Combretaceae
    rank: family
50. Commelinaceae
    rank: family
51. Convolvulaceae
    rank: family
52. Costaceae
    rank: family
53. Cucurbitaceae
    rank: family
54. Cupressaceae
    rank: family
55. Cyclanthaceae
    rank: family
56. Cyperaceae
    rank: family
57. Davalliaceae
    rank: family
58. Dilleniaceae
    rank: family
59. Dryopteridaceae
    rank: family
60. Elaeocarpaceae
    rank: family
61. Equisetaceae
    rank: family
62. Ericaceae
    rank: family
63. Eriocaulaceae
    rank: family
64. Erythroxylaceae
    rank: family
65. Euphorbiaceae
    rank: family
66. Fabaceae
    rank: family
67. Fagaceae
    rank: family
68. Gesneriaceae
    rank: family
69. Gleicheniaceae
    rank: family
70. Heliconiaceae
    rank: family
71. Hydrophyllaceae
    rank: family
72. Hypericaceae
    rank: family
73. Iridaceae
    rank: family
74. Juncaceae
    rank: family
75. Lacistemataceae
    rank: family
76. Lamiaceae
    rank: family
77. Lauraceae
    rank: family
78. Lecythidaceae
    rank: family
79. Loasaceae
    rank: family
80. Loganiaceae
    rank: family
81. Loranthaceae
    rank: family
82. Lycopodiaceae
    rank: family
83. Lythraceae
    rank: family
84. Malpighiaceae
    rank: family
85. Malvaceae
    rank: family
86. Marantaceae
    rank: family
87. Marattiaceae
    rank: family
88. Marcgraviaceae
    rank: family
89. Melastomataceae
    rank: family
90. Meliaceae
    rank: family
91. Menispermaceae
    rank: family
92. Monimiaceae
    rank: family
93. Moraceae
    rank: family
94. Moringaceae
    rank: family
95. Muntingiaceae
    rank: family
96. Myrtaceae
    rank: family
97. Nyctaginaceae
    rank: family
98. Nymphaeaceae
    rank: family
99. Olacaceae
    rank: family
100. Onagraceae
     rank: family
101. Ophioglossaceae
     rank: family
102. Orchidaceae
     rank: family
103. Orobanchaceae
     rank: family
104. Oxalidaceae
     rank: family
105. Pandanaceae
     rank: family
106. Papaveraceae
     rank: family
107. Passifloraceae
     rank: family
108. Phyllanthaceae
     rank: family
109. Phytolaccaceae
     rank: family
110. Picramniaceae
     rank: family
111. Pinaceae
     rank: family
112. Piperaceae
     rank: family
113. Plantaginaceae
     rank: family
114. Plumbaginaceae
     rank: family
115. Poaceae
     rank: family
116. Polygalaceae
     rank: family
117. Polygonaceae
     rank: family
118. Polypodiaceae
     rank: family
119. Pontederiaceae
     rank: family
120. Primulaceae
     rank: family
121. Proteaceae
     rank: family
122. Pteridaceae
     rank: family
123. Ranunculaceae
     rank: family
124. Rhamnaceae
     rank: family
125. Rosaceae
     rank: family
126. Rubiaceae
     rank: family
127. Rutaceae
     rank: family
128. Salicaceae
     rank: family
129. Santalaceae
     rank: family
130. Sapindaceae
     rank: family
131. Sapotaceae
     rank: family
132. Schlegeliaceae
     rank: family
133. Simaroubaceae
     rank: family
134. Siparunaceae
     rank: family
135. Smilacaceae
     rank: family
136. Solanaceae
     rank: family
137. Staphyleaceae
     rank: family
138. Sterculiaceae
     rank: family
139. Talinaceae
     rank: family
140. Tapisciaceae
     rank: family
141. Thelypteridaceae
     rank: family
142. Thymelaeaceae
     rank: family
143. Tiliaceae
     rank: family
144. Turneraceae
     rank: family
145. Typhaceae
     rank: family
146. Urticaceae
     rank: family
147. Verbenaceae
     rank: family
148. Violaceae
     rank: family
149. Viscaceae
     rank: family
150. Vitaceae
     rank: family
151. Vochysiaceae
     rank: family
152. Xyridaceae
     rank: family
153. Zingiberaceae
     rank: family
154. Zygophyllaceae
     rank: family

El conjunto de datos contiene información de los ejemplares botánicos de bosque seco tropical de Colombia, con énfasis es localidades del Caribe Colombiano, los valles geográficos de los ríos Magdalena, el valle del cañón del río Patía. Abarca los departamentos de Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Boyacá, Caldas, Caquetá, Cauca, Cesar, Cundinamarca, Huila, Nariño, Putumayo, Quindio, Risaralda, Santander, Tolima y Valle del Cauca.