DFO Quebec Region Biodiversity of the Planning for Integrated Environmental Response Coastal Survey in the St. Lawrence Estuary and Gulf (2017-2021)
Citation
Grégoire B (2022). DFO Quebec Region Biodiversity of the Planning for Integrated Environmental Response Coastal Survey in the St. Lawrence Estuary and Gulf (2017-2021). Version 1.6. Fisheries and Oceans Canada. Sampling event dataset https://doi.org/10.26071/ogsl-90c40dba accessed via GBIF.org on 2024-08-29.Description
This dataset contains all observations of marine organisms noted during the analysis of 2959 underwater images sampled over a large extent of the coastal zone (≤10 m) of the Estuary and the Gulf of St. Lawrence (Quebec region). The dataset includes 21 490 occurrences of 150 taxa and informal categories including macroalgae, invertebrates and fish. Underwater images were collected between 2017 and 2021 according to a directed sampling protocol whose primary goal was to map large seaweed and eelgrass beds. Images were normally recorded as videos using a camera installed on a pole and placed near the seabed from a small boat. The collected data served primarily as ground-truth data to validate coasting zone mapping based on aerial photographs within the framework of the Planning for Integrated Environmental Response initiative (PIER).
Ce jeu de données contient toutes les observations d’organismes marins notées lors de l’analyse de 2959 images sous-marines échantillonnées sur une large étendue de la zone côtière (≤10 m) de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent (région du Québec). Le jeu de données comprend 21 490 occurrences de 150 taxons et catégories informelles, incluant des macroalgues, des invertébrés et des poissons. Les images sous-marines ont été recueillies entre 2017 et 2021, selon un protocole d’échantillonnage dirigé dont le but premier était de cartographier les grands bancs d’algues et les zostéraies. Les images étaient normalement enregistrées sous forme de vidéos à l’aide d’une caméra installée sur une perche et placée près du fond marin à partir d’une petite embarcation. Les données collectées ont principalement servi de données de validation pour la cartographie des zones côtières basée sur des photographies aériennes, dans le cadre de l’initiative Planification pour une intervention environnementale intégrée (PIEI).
Sampling Description
Study Extent
Samples were collected over a large extent of the coastal zone (≤10 m) of the Estuary and the Gulf of St. Lawrence. More precisely, the dataset includes observations from the Estuary of the St. Lawrence, the northern Gulf of the St. Lawrence as far east as Natashquan (Minganie), the Gaspé Peninsula and Baie-des-Chaleurs. Sampling locations were determined using a directed sampling protocol whose primary goal was to gather data useful to mapping large seaweed and eelgrass beds. Sampling locations were identified using aerial photographs and selected based on a number of factors including the presence of a poorly photo-interpretable substrate type or macroalgae cover, presence of a nearby water access point (usually less than 15 km) and the absence of pre-existing data for the given locality. Sampling locations were usually sampled once and distance between both samples and sample groupings (usually clustered around a water access point) was not controlled. / Les échantillons ont été recueillis sur une grande étendue de la zone côtière (≤10 m) de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent. Plus précisément, le jeu de données comprend des observations de l’estuaire du Saint-Laurent, du nord du golfe du Saint-Laurent jusqu’à Natashquan (Minganie), de la Gaspésie et de la Baie-des-Chaleurs. Les lieux d’échantillonnage ont été déterminés à l’aide d’un protocole d’échantillonnage dirigé dont le but premier était de recueillir des données utiles à la cartographie des grands bancs d’algues et de zostère. Ils ont été identifiés à l’aide de photographies aériennes et sélectionnés en fonction d’un certain nombre de facteurs, notamment la présence d’un type de substrat ou d’une couverture de macroalgues peu photo-interprétable, la présence d’un point d’accès à l’eau à proximité (habituellement moins de 15 km) et l’absence de données préexistantes pour la localité donnée. Les lieux d’échantillonnage ont généralement été échantillonnés une seule fois et la distance entre les échantillons et les groupes d’échantillons (généralement regroupés autour d’un point d’accès à l’eau) n’a pas été contrôlée.Sampling
Samples were underwater images normally recorded as videos using a GoPro Hero action camera installed on a pole and placed near the seabed from a small boat. Video recordings consisted of two slow rotations, one near the bottom and a second above the canopy. The former supplied detailed images of the organisms to be identified while the latter provided a broader view of the ecosystem. Recorded depths were reduced to chart datum by the Canadian Hydrographic Service. Images were observed by a team of trained observers. Organisms were identified to the lowest taxonomic level possible. However, in some instances, identification to a relevant higher level was not possible. In such cases, the organisms, usually macroalgae, were informally categorized by colour and form (see verbatimIdentification). The lowest taxonomic level possible was then attributed to the given category. Identification notes are presented in the identificationRemarks field and include taxonomic classification decisions and uncertainties when considered pertinent. A visual dictionary (unilingual french only) was developed as an identification aid and accompanies this dataset (https://open.canada.ca/data/en/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). More data, including a visibility index, estimated macroalgae and eelgrass cover, substrate type and dominant macroalgae and animals were recorded but not included in this dataset. These data may be made available upon request. A forthcoming DFO technical report provides more details. / Les échantillons étaient des images sous-marines normalement enregistrées sous forme de vidéos à l’aide d’une caméra d’action de type GoPro Hero installée sur une perche et placée près du fond de la mer à partir d’une petite embarcation. Les enregistrements vidéo consistaient en deux rotations lentes, une près du fond et une seconde au-dessus de la canopée. La première fournissait des images détaillées des organismes à identifier tandis que la seconde offrait une vue plus large de l’écosystème. Les profondeurs enregistrées ont été réduites au zéro des cartes par le Service hydrographique du Canada. Les images ont été observées par une équipe d’observateurs formés. Les organismes ont été identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible. Dans certains cas, l’identification à un niveau supérieur pertinent n’était pas possible. Dans ces cas, les organismes, généralement des macroalgues, ont été classés de manière informelle par couleur et forme (voir verbatimIdentification). Le niveau taxonomique le plus bas possible a alors été attribué à la classe établie. Les notes d’identification sont présentées dans le champ identificationRemarks et incluent les décisions de classification taxonomique et les incertitudes lorsqu’elles sont jugées pertinentes. Un dictionnaire visuel a été développé comme aide à l’identification et accompagne cet ensemble de données (https://open.canada.ca/data/fr/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). D’autres données, notamment un indice de visibilité, une estimation de la couverture de macroalgues et de zostère, le type de substrat et les macroalgues et animaux dominants ont été enregistrés, mais ne sont pas inclus dans ce jeu de données. Ces données peuvent être mises à disposition sur demande. Un rapport technique du MPO à venir fournit plus de détails .Quality Control
Taxonomic names were verified on the World Register of Marine Species (WoRMS) to match recognized standards. The WoRMS match has been put in the scientificNameID field in the occurrence file. Data quality control was performed using the R packages obistools and worrms. All sampling locations were plotted on a map to perform a visual check confirming that the latitude and longitude coordinates were within the described sampling area. / Tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ scientificNameID du fichier d’occurrence. Le contrôle de la qualité des données a été effectué à l’aide des paquets R obistools et worrms. Tous les emplacements d’échantillonnage ont été reportés sur une carte afin d’effectuer un contrôle visuel confirmant que les coordonnées de latitude et de longitude se trouvaient dans la zone d’échantillonnage décrite.Method steps
- The organisms were identified from underwater images using a combination of identification guides and journal articles. The main resources are listed in the bibliographic citations section. / Les organismes ont été identifiés à partir d'images sous-marines en utilisant une combinaison de guides d'identification et d'articles scientifiques. Les principales ressources sont énumérées dans la section des citations bibliographiques.
- A visual dictionary was developed as an identification aid and accompanies this dataset (https://open.canada.ca/data/en/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). / Un dictionnaire visuel a été développé comme outil d’aide à l’identification et accompagne ce jeu de données (https://open.canada.ca/data/fr/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51).
- Records were extracted from the PIER Quebec region underwater imagery database using SQL. / Les enregistrements ont été extraits de la base de données d’imagerie sous-marine du PIEI, région du Québec en utilisant SQL.
Taxonomic Coverages
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Actiniariarank: order
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Actiniidaerank: family
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Actinopterygiirank: superclass
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Agarum clathratumrank: species
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Ahnfeltiarank: genus
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Alaria esculentarank: species
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Ammodytesrank: genus
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Amphipodarank: order
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Animaliarank: kingdom
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Arenicola marinarank: species
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Ascidiacearank: class
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Ascophyllum nodosumrank: species
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Asterias rubensrank: species
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Asteroidearank: class
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Aulactinia stellarank: species
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Aureliarank: genus
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Balanoidearank: superfamily
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Bangiaceaerank: family
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Biotarank: kingdom
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Bivalviarank: class
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Bryozoarank: phylum
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Buccinidaerank: family
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Cancer irroratusrank: species
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Caprellidaerank: family
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Caridearank: infraorder
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Catablema vesicariumrank: species
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Ceramialesrank: order
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Chaetomorpharank: genus
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Chlorophytarank: phylum
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Chondrus crispusrank: species
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Chordarank: genus
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Chordariarank: genus
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Cnidariarank: phylum
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Corallina officinalisrank: species
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Corallinophycidaerank: subclass
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Cottidaerank: family
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Crangon septemspinosarank: species
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Crossaster papposusrank: species
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Ctenophorarank: phylum
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Cucumaria frondosarank: species
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Cyanearank: genus
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Cyclopterus lumpusrank: species
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Demospongiaerank: class
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Dendronotusrank: genus
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Desmarestiarank: genus
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Devaleraea ramentacearank: species
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Echinarachnius parmarank: species
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Ectocarpalesrank: order
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Ensis leeirank: species
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Euspira herosrank: species
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Florideophyceaerank: class
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Fucaceaerank: family
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Fucusrank: genus
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Fucus distichus subsp. edentatusrank: subspecies
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Fucus distichus subsp. evanescensrank: subspecies
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Fucus vesiculosusrank: species
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Gadusrank: genus
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Gasterosteidaerank: family
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Gastropodarank: class
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Gersemia rubiformisrank: species
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Halcampa duodecimcirratarank: species
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Halichondria (Eumastia) sitiensrank: species
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Haliclona (Haliclona) oculatarank: species
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Halocynthia pyriformisrank: species
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Halosiphon tomentosusrank: species
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Henriciarank: genus
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Hildenbrandiarank: genus
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Hirudinearank: subclass
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Homarus americanusrank: species
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Hyasrank: genus
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Hydrozoarank: class
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Idotearank: genus
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Laminaria digitatarank: species
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Laminariaceaerank: family
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Laminarialesrank: order
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Leptasterias (Hexasterias) polarisrank: species
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Liparisrank: genus
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Littorinarank: genus
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Mesodesma arctatumrank: species
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Metridium senilerank: species
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Morone saxatilisrank: species
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Myarank: genus
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Mysidaerank: family
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Mytilusrank: genus
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Myxicolarank: genus
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Nucella lapillusrank: genus
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Ophiopholis aculeatarank: species
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Pagurusrank: genus
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Palmaria palmatarank: species
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Phaeophyceaerank: class
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Pholis gunnellusrank: species
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Phycodrysrank: genus
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Phyllophoraceaerank: family
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Placopecten magellanicusrank: species
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Pleuronectidaerank: family
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Polychaetarank: class
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Polyides rotundarank: species
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Pseudobonellia iraidiirank: species
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Psolus fabriciirank: species
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Psolus phantapusrank: species
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Ptiloteaerank: tribe
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Ptychogena lactearank: species
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Ralfsialesrank: order
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Rhodophytarank: phylum
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Saccharina latissimarank: species
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Saccharina longicrurisrank: species
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Saccorhiza dermatodearank: species
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Scomber scombrusrank: species
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Scytosiphonaceaerank: family
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Sertulariidaerank: family
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Solaster endecarank: species
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Spirorbinaerank: subfamily
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Stauromedusaerank: order
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Staurostoma mertensiirank: species
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Stichaeus punctatusrank: species
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Stomphia coccinearank: species
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Strongylocentrotus droebachiensisrank: species
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Tautogolabrus adspersusrank: species
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Terebellidaerank: family
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Terebratulina septentrionalisrank: species
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Testudinalia testudinalisrank: species
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Tonicellidaerank: family
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Tubulariidaerank: family
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Zirfaea crispatarank: species
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Zoarces americanusrank: species
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Zostera marinarank: species
Geographic Coverages
Bibliographic Citations
- Chabot, R. and Rossignol, R. 2003. Algues et faune du littoral du Saint-Laurent maritime : Guide d’identification. Institut des sciences de la mer de Rimouski, Rimouski; Pêches et Océans Canada (Institut Maurice-Lamontagne), Mont-Joli. 113 p. -
- Leclerc, R. 1987. Guide d’identification des algues marines de l’estuaire du Saint-Laurent. Groupe d’animation en sciences naturelles du Québec inc., Saint-Romuald. 180 p. -
- Mathieson, A. C. and Dawes, C. J. 2017. Seaweeds of the Northwest Atlantic. Universtiy of Massachusetts Press, 798 p. -
- Nozères, C. and Archambault, D. 2014. Portfolio pour l’identification rapide d’invertébrés capturés au chalut dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent. Rapp. manus. can. sci. halieut. aquat. 3033 : iv + 30 p. -
- Saunders, G.W. 2022. The Seaweed of Canada: guide pages to assist with species confirmation. http://www.seaweedcanada.ca. [Accessed 2022-03-07]. / [Accédé le 2022-03-07]. -
Contacts
Benjamin Grégoireoriginator
position: Biologist
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850 route de la Mer
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G5H 3Z4
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Fisheries and Oceans Canada
850 route de la Mer
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850, route de la Mer
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Benjamin Grégoire
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