Herbario Amazónico Colombiano

Study Extent

Cuenca Amazónica Colombiana, aunque también se tiene información de la cuenca completa.

Sampling

No hay una metodología de muestreo dado que se trata de inventarios especialmente en áreas en donde hay vacíos de información.

Quality Control

Hay un proceso desde la colecta en campo hasta la publicación de los datos y cada uno tiene un control de calidad. En el proceso de estructuración y validación de los datos, se realizó el control de la calidad de la información proporcionada por COAH. A continuación, se enumeran los procesos asociados a esta actividad: 1. Revisión de la información documentada asociada a los datos biológicos; 2. Estructuración de los datos en el estándar Darwin Core (DwC) según elementos, definiciones y vocabularios controlados; 3. Unificar el conjunto de datos ya publicado con los nuevos registros suministrados; 4. Validación y limpieza de la información consignada en el DwC, 4.1. Corrección de errores de tipeo, para esta tarea se usó OpenRefine, adicionalmente se identificaron datos erróneos como sinonimias, con el uso de la API de GBIF para validación taxonómica https://github.com/SIB-Colombia/data-quality-open-refine/blob/master/ValTaxonomicAPIGBIF_ValTaxonomicaAPIGBIF.txt, complementado con la información encontrada en tropicos https://www.tropicos.org/home y el catalogo de plantas y líquenes de Colombia https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=catalogo_plantas_liquenes 4.2. Se realizó la conversión de las fechas, acorde a lo exigido en el estándar, 4.3. Se llevó a cabo la visualización de las coordenadas para su validación utilizando el proyecto de QGIS https://sib-colombia.github.io/Formacion/LAB/lab02/lab_valCoord.html del SiB Colombia y http://iobis.github.io/plotter/; 5. Finalmente, la base datos DwC se validó haciendo uso del Validador de datos - GBIF.

Method steps

1. Esta metodología esta de acuerdo con el Proceso de Colecciones definido para la Gestión de Calidad. COLECTA Y PROCESAMIENTO DE EJEMPLARES BOTANICOS: La colección de las muestras botánicas se realiza en campo. Las cuales se prensan y numeran y a su vez en el cuaderno de campo se realiza la descripción de cada ejemplar con el número de colección, las muestras son alcoholizadas y enviadas como embalaje al Herbario Amazónico Colombiano COAH en Bogotá. Una vez en Bogotá, el material se coloca en el horno especializado para su deshidratación, a 80°C durante 12 horas, las muestras se separan con láminas de aluminio y cartón. Paralelamente, los datos de campo del cuaderno se digitan en un formato de fichas técnicas, éstas fichas una vez impresas se ingresan en cada una de las muestras botánicas ya secas. Con este paso se realiza una corroboración de ejemplares disecados frente al cuaderno de campo y sus datos.
2. IDENTIFICACIÓN DEL MATERIAL Y SELECCIÓN PARA MONTAJE: Las colecciones botánicas secas se determinan taxonómicamente mediante comparación con la colección general del Herbario y con la ayuda de claves taxonómicas especializadas. Posteriormente se selecciona el material que va a ser montado, el cual se almacena en el taller de montaje.
3. MONTAJE, SELLADO Y NUMERACIÓN DE EJEMPLARES BOTÁNICOS: Los ejemplares botánicos identificados taxonómicamente que están en buen estado y tienen alguna estructura fértil (flor o fruto) son montados en cartulina (cosidos y pegados), a cada ejemplar montado se le asigna un número de herbario consecutivo. Se almacenan en el taller para ser enviados a digitación.
4. INGRESO A LA BASE DE DATOS: La información de cada ejemplar montado (ficha técnica y número de herbario único) se verifica e ingresa a la base datos conforme a "Serie de estándares para la gestión de información sobre biodiversidad en Colombia" (Suárez 2007). Se ingresa al congelador y son refrigerados por 24 horas, luego se almacena el sarcófago para clasificarlo e incorporado a la colección.
5. INGRESO A LA COLECCIÓN: Una vez la información del ejemplar ha ingresado a la base de datos, cada ejemplar es incluido en la colección física del Herbario en la carpeta de acuerdo con el taxón correspondiente.
6. FOTOGRAFIAS DE LA ESPECIE: Se selecciona un ejemplar representativo de la especie del cual se toma una fotografía digital, la cual se edita con las características definidas (600 x 800 pixeles) y posteriormente se copia al servidor en la carpeta correspondiente.
7. PUBLICACION DE EJEMPLARES EN EL HERBARIO VIRTUAL: La información que ingresa a la base de datos se actualiza en el servidor web (Herbario Virtual) y se verifica, de acuerdo con el manual de usuario de la aplicación Herbario Virtual, cada seis meses se actualiza la información en el IPT SINCHI.

La colección Herbario Amazónico Colombiano se encuentra organizada filogenéticamente bajo el sistema de Cronquist, A. 1981, esta colección cuenta con cerca de 120.000 ejemplares de plantas vasculares y 7.500 de plantas no vasculares catalogados. De la totalidad de plantas vasculares, el 99% cuenta con determinación taxonómica hasta el nivel de familia, el 98% hasta género y el 84% hasta especie. Mientras que del total de plantas no vasculares, el 90% cuentan con determinación a familia, el 85% determinación hasta género y el 62% determinación hasta especie.

1. Acanthaceae
   rank: family
2. Actinidiaceae
   rank: family
3. Agavaceae
   rank: family
4. Alismataceae
   rank: family
5. Amaranthaceae
   rank: family
6. Anacardiaceae
   rank: family
7. Anemiaceae
   rank: family
8. Anisophylleaceae
   rank: family
9. Annonaceae
   rank: family
10. Apiaceae
    rank: family
11. Apocynaceae
    rank: family
12. Aquifoliaceae
    rank: family
13. Araceae
    rank: family
14. Araliaceae
    rank: family
15. Arecaceae
    rank: family
16. Aristolochiaceae
    rank: family
17. Asclepiadaceae
    rank: family
18. Aspleniaceae
    rank: family
19. Asteraceae
    rank: family
20. Balanophoraceae
    rank: family
21. Balsaminaceae
    rank: family
22. Begoniaceae
    rank: family
23. Bignoniaceae
    rank: family
24. Bixaceae
    rank: family
25. Blechnaceae
    rank: family
26. Bombacaceae
    rank: family
27. Boraginaceae
    rank: family
28. Brassicaceae
    rank: family
29. Bromeliaceae
    rank: family
30. Brunelliaceae
    rank: family
31. Burmanniaceae
    rank: family
32. Burseraceae
    rank: family
33. Cabombaceae
    rank: family
34. Cactaceae
    rank: family
35. Caesalpiniaceae
    rank: family
36. Campanulaceae
    rank: family
37. Cannabinaceae
    rank: family
38. Cannaceae
    rank: family
39. Capparaceae
    rank: family
40. Caprifoliaceae
    rank: family
41. Caricaceae
    rank: family
42. Caryocaraceae
    rank: family
43. Caryophyllaceae
    rank: family
44. Cecropiaceae
    rank: family
45. Celastraceae
    rank: family
46. Chenopodiaceae
    rank: family
47. Chloranthaceae
    rank: family
48. Chrysobalanaceae
    rank: family
49. Clethraceae
    rank: family
50. Clusiaceae
    rank: family
51. Cochlospermaceae
    rank: family
52. Combretaceae
    rank: family
53. Commelinaceae
    rank: family
54. Connaraceae
    rank: family
55. Convolvulaceae
    rank: family
56. Costaceae
    rank: family
57. Crassulaceae
    rank: family
58. Cucurbitaceae
    rank: family
59. Cupressaceae
    rank: family
60. Cyatheaceae
    rank: family
61. Cycadaceae
    rank: family
62. Cyclanthaceae
    rank: family
63. Cyperaceae
    rank: family
64. Cyrillaceae
    rank: family
65. Davalliaceae
    rank: family
66. Dennstaedtiaceae
    rank: family
67. Dichapetalaceae
    rank: family
68. Dicksoniaceae
    rank: family
69. Dilleniaceae
    rank: family
70. Dioscoreaceae
    rank: family
71. Dipterocarpaceae
    rank: family
72. Droseraceae
    rank: family
73. Dryopteridaceae
    rank: family
74. Ebenaceae
    rank: family
75. Elaeocarpaceae
    rank: family
76. Equisetaceae
    rank: family
77. Ericaceae
    rank: family
78. Eriocaulaceae
    rank: family
79. Erythroxylaceae
    rank: family
80. Euphorbiaceae
    rank: family
81. Fabaceae
    rank: family
82. Flacourtiaceae
    rank: family
83. Gentianaceae
    rank: family
84. Geraniaceae
    rank: family
85. Gesneriaceae
    rank: family
86. Gleicheniaceae
    rank: family
87. Gnetaceae
    rank: family
88. Haemodoraceae
    rank: family
89. Heliconiaceae
    rank: family
90. Hernandiaceae
    rank: family
91. Hippocastanaceae
    rank: family
92. Hippocrateaceae
    rank: family
93. Hugoniaceae
    rank: family
94. Humiriaceae
    rank: family
95. Hydrangeaceae
    rank: family
96. Hydrocharitaceae
    rank: family
97. Hydrophyllaceae
    rank: family
98. Hymenophyllaceae
    rank: family
99. Icacinaceae
    rank: family
100. Iridaceae
     rank: family
101. Ixonanthaceae
     rank: family
102. Lacistemataceae
     rank: family
103. Lamiaceae
     rank: family
104. Lauraceae
     rank: family
105. Lecythidaceae
     rank: family
106. Lentibulariaceae
     rank: family
107. Lepidobotryaceae
     rank: family
108. Liliaceae
     rank: family
109. Limnocharitaceae
     rank: family
110. Lindsaeaceae
     rank: family
111. Lissocarpaceae
     rank: family
112. Loasaceae
     rank: family
113. Loganiaceae
     rank: family
114. Lomariopsidaceae
     rank: family
115. Loranthaceae
     rank: family
116. Lycopodiaceae
     rank: family
117. Lygodiaceae
     rank: family
118. Lythraceae
     rank: family
119. Magnoliaceae
     rank: family
120. Malpighiaceae
     rank: family
121. Malvaceae
     rank: family
122. Marantaceae
     rank: family
123. Marattiaceae
     rank: family
124. Marcgraviaceae
     rank: family
125. Marsileaceae
     rank: family
126. Mayacaceae
     rank: family
127. Melastomataceae
     rank: family
128. Meliaceae
     rank: family
129. Mendonciaceae
     rank: family
130. Menispermaceae
     rank: family
131. Menyanthaceae
     rank: family
132. Metaxyaceae
     rank: family
133. Metteniusaceae
     rank: family
134. Mimosaceae
     rank: family
135. Monimiaceae
     rank: family
136. Moraceae
     rank: family
137. Musaceae
     rank: family
138. Myricaceae
     rank: family
139. Myristicaceae
     rank: family
140. Myrsinaceae
     rank: family
141. Myrtaceae
     rank: family
142. Nyctaginaceae
     rank: family
143. Nymphaeaceae
     rank: family
144. Ochnaceae
     rank: family
145. Olacaceae
     rank: family
146. Oleaceae
     rank: family
147. Oleandraceae
     rank: family
148. Onagraceae
     rank: family
149. Opiliaceae
     rank: family
150. Orchidaceae
     rank: family
151. Oxalidaceae
     rank: family
152. Papaveraceae
     rank: family
153. Passifloraceae
     rank: family
154. Pedaliaceae
     rank: family
155. Phytolaccaceae
     rank: family
156. Piperaceae
     rank: family
157. Plantaginaceae
     rank: family
158. Poaceae
     rank: family
159. Podocarpaceae
     rank: family
160. Podostemaceae
     rank: family
161. Polemoniaceae
     rank: family
162. Polygalaceae
     rank: family
163. Polygonaceae
     rank: family
164. Polypodiaceae
     rank: family
165. Pontederiaceae
     rank: family
166. Portulacaceae
     rank: family
167. Primulaceae
     rank: family
168. Proteaceae
     rank: family
169. Pteridaceae
     rank: family
170. Quiinaceae
     rank: family
171. Ranunculaceae
     rank: family
172. Rapateaceae
     rank: family
173. Rhamnaceae
     rank: family
174. Rhizophoraceae
     rank: family
175. Rosaceae
     rank: family
176. Rubiaceae
     rank: family
177. Rutaceae
     rank: family
178. Sabiaceae
     rank: family
179. Salicaceae
     rank: family
180. Salviniaceae
     rank: family
181. Sapindaceae
     rank: family
182. Sapotaceae
     rank: family
183. Schizaeaceae
     rank: family
184. Scrophulariaceae
     rank: family
185. Selaginellaceae
     rank: family
186. Simaroubaceae
     rank: family
187. Smilacaceae
     rank: family
188. Solanaceae
     rank: family
189. Sphenocleaceae
     rank: family
190. Staphyleaceae
     rank: family
191. Sterculiaceae
     rank: family
192. Strelitziaceae
     rank: family
193. Styracaceae
     rank: family
194. Symplocaceae
     rank: family
195. Taccaceae
     rank: family
196. Tectariaceae
     rank: family
197. Tepuianthaceae
     rank: family
198. Tetrameristaceae
     rank: family
199. Theaceae
     rank: family
200. Thelypteridaceae
     rank: family
201. Theophrastaceae
     rank: family
202. Thurniaceae
     rank: family
203. Thymelaeaceae
     rank: family
204. Tiliaceae
     rank: family
205. Tovariaceae
     rank: family
206. Trigoniaceae
     rank: family
207. Triuridaceae
     rank: family
208. Turneraceae
     rank: family
209. Ulmaceae
     rank: family
210. Urticaceae
     rank: family
211. Velloziaceae
     rank: family
212. Verbenaceae
     rank: family
213. Violaceae
     rank: family
214. Viscaceae
     rank: family
215. Vitaceae
     rank: family
216. Vochysiaceae
     rank: family
217. Woodsiaceae
     rank: family
218. Xyridaceae
     rank: family
219. Zamiaceae
     rank: family
220. Zingiberaceae
     rank: family
221. Zygophyllaceae
     rank: family

Datos de colección de la cuenca amazónica en 5 países: Colombia (111.674), Perú (373), Brasil (229), Ecuador (86) y Venezuela (53).