Herbario virtual bosques secos de Colombia - Sección herbario TULV (INCIVA)

Study Extent

Ejemplares de bosque seco del herbario TULV Jardín Botánico "Juan María Céspedes" del Instituto para la Investigación y Preservación del Patrimonio Cultural y Natural del Valle del Cauca, ubicado en la ciudad de Cali (Valle del Cauca).

Sampling

Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco tropical del herbario TULV Jardín Botánico "Juan María Céspedes" que fueron digitalizados y publicados en el recurso electrónico "Herbario TULV" y compartidos en el "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia", a través de FlickR. Los exicados fueron seleccionados por la localidad en la que fueron colectados (la cual debe pertenecer a bosque seco tropical). Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y fueron extraídos de la misma para transportarlos al laboratorio de fotografía.

Quality Control

En cada una de las actividades desarrolladas durante la digitalización de especímenes de herbario se realiza control de calidad. El control de calidad usualmente se efectúa mediante la selección y el examen de las imágenes en intervalos regulares, las imágenes seleccionas son evaluadas en el enfoque, la exposición correcta, manchas, desajustes entre los nombres de los archivos, valor del código de barras o número de identificación y otros signos evidentes de error al inspeccionar. Este control se realiza de la siguiente manera: 1. Se realiza el curado y actualización nomenclatural de los ejemplares seleccionados para la digitalización mediante el uso de bases de datos virtuales como The Plant List, Tropicos, El catálogo de la vida, IPNI, entre otros 2. El control de calidad de las imágenes se realiza en un solo espacio y un solo computador con dos monitores, preferiblemente calibrados, para asegurar una visualización óptima. Este control debe llevarse a cabo aproximadamente cada 20 imágenes. 3. Los archivos de imagen son visualizados utilizando el software de edición de imágenes de la cámara (Digital Photo Professional). 4. Las imágenes se magnifican a 100% para verificar que contengan todos los elementos necesarios (reglilla, tarjeta de color, etiqueta completa), la calidad requerida, confirmar el enfoque, la exposición correcta, manchas o rayas, desajustes entre los nombres de los archivos y valor del código de barras del espécimen.

Method steps

1. La digitalización de especímenes se refiere a la captura fotográfica y el registro de información de especímenes o colecciones. Típicamente los especímenes incluyen etiquetas y notas de campo que contienen información sobre el evento de colecta (Ejemplo: Nombre del colector, fechas, localidad, etc.) determinaciones taxonómicas y números de catálogo o identificadores. La digitalización de la información de las etiquetas incluye captura del texto como caracteres, y almacenamiento de esta información en bases de datos, igualmente la digitalización también incluye la captura de imágenes digitales. El proceso de digitalización incluye las siguientes tareas: 1. Curado y pre-digitalización 2. Captura de imágenes (fotografía de especímenes y etiquetas) 3. Procesamiento de las imágenes 4. Captura electrónica de los datos 1. CURADO Y PRE-DIGITALIZACIÓN Constituye el primer paso en la digitalización de especímenes y brinda la oportunidad de realizar las siguientes actividades: -Inspeccionar y restaurar los especímenes dañados y evaluar la salud de la colección. -Tratar las pestes. -Descubrir especímenes perdidos pertenecientes a otras instituciones o tipos no conocidos en la colección. -Actualizar las determinaciones taxonómicas. -Reorganizar los contenidos de los gabinetes o compactadores. -Seleccionar los ejemplares para la digitalización. -Adjuntar un identificador único (código de barras) a cada espécimen. 2. CAPTURA DE IMÁGENES (fotografía de especímenes y etiquetas) La captura de imágenes consiste en fotografiar los ejemplares codificados previamente y descargar las imágenes en el computador destinado para la edición y marcaje. Durante el proceso de fotografía de una familia se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. A continuación se explican los pasos y se dan las instrucciones necesarias para el proceso de captura de imagen. La captura de imágenes generalmente requiere: -Pre-configuración e iniciación de los equipos. -Organización de los especímenes que serán fotografiados. -Toma de la imagen. -Descarga y almacenamiento de la imagen. -Captura del código de barras. -Mover el espécimen a una nueva estación o incluirlo nuevamente en la colección. 3. PROCESAMIENTO DE LAS IMÁGENES El procesamiento de las imágenes incluye todas las tareas o grupo de tareas desarrolladas sobre una imagen, seis tareas son las más comunes: 1. Control de calidad. 2. Procesamiento de la imagen. 3. Conversión de archivos. 4. Copia de Seguridad. Durante el procesamiento de la imagen se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. Para este proceso se parte de la fotografía descargada en rutas preestablecidas. 4. CAPTURA ELECTRÓNICA DE LOS DATOS La captura electrónica de datos involucra la extracción de datos de las etiquetas y la digitalización de estos datos en una base de datos electrónica. Según este protocolo la captura de datos debe ser después de la captura de la imagen. En las colecciones donde una gran cantidad especímenes son fotografiados, los datos son tomados directamente de las imágenes, reduciendo las posibilidades de daño en los múltiples viajes de los especímenes. Existen muchas formas de capturar la información de las etiquetas de herbario, pero la más común es mediante la digitalización directa en una plantilla estándar, como las ofrecidas por el formato Darwin Core. En nuestro proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia” trabajaremos con las plantillas DwC para la documentación de registros biológicos. Esta plantilla se encuentra adjunta a este documento. El estándar Darwin Core (Versión 2011-10-26) está conformado por 175 elementos, de los cuáles solo cinco son obligatorios (ID del registro biológico, base del registro, código de la institución, código de la colección, número de catálogo). Nosotros trabajaremos con elementos comunes y elementos de extensión que incluirán información sobre las imágenes y los rasgos funcionales tomados de los especímenes de herbario.

Por medio de la búsqueda de especímenes pertenecientes a Bosque Seco Tropical de Colombia, depositados en el herbario TULV - Jardín Botánico "Juan María Céspedes", del Instituto para la Investigación y Preservación del Patrimonio Cultural y Natural del Valle del Cauca (INCIVA), se consolidaron 2020 registros de ejemplares botánicos correspondientes a 111 familias, 428 géneros y 750 especies. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies y las actualizaciones nomenclaturales se realizaron con base en los datos proporcionados en los recursos The Plant List (http://www.theplantlist.org/), Tropicos (http://www.tropicos.org/) y IPNI (http://www.ipni.org/)

1. Acanthaceae
   rank: family
2. Achariaceae
   rank: family
3. Achatocarpaceae
   rank: family
4. Actinidiaceae
   rank: family
5. Adoxaceae
   rank: family
6. Amaranthaceae
   rank: family
7. Anacardiaceae
   rank: family
8. Annonaceae
   rank: family
9. Apiaceae
   rank: family
10. Apocynaceae
    rank: family
11. Araceae
    rank: family
12. Araliaceae
    rank: family
13. Arecaceae
    rank: family
14. Aristolochiaceae
    rank: family
15. Asteraceae
    rank: family
16. Bignoniaceae
    rank: family
17. Bixaceae
    rank: family
18. Boraginaceae
    rank: family
19. Bromeliaceae
    rank: family
20. Brunelliaceae
    rank: family
21. Burseraceae
    rank: family
22. Cactaceae
    rank: family
23. Caesalpiniaceae
    rank: family
24. Calophyllaceae
    rank: family
25. Campanulaceae
    rank: family
26. Cannabaceae
    rank: family
27. Capparaceae
    rank: family
28. Caprifoliaceae
    rank: family
29. Caricaceae
    rank: family
30. Caryophyllaceae
    rank: family
31. Celastraceae
    rank: family
32. Chrysobalanaceae
    rank: family
33. Cleomaceae
    rank: family
34. Clethraceae
    rank: family
35. Clusiaceae
    rank: family
36. Columelliaceae
    rank: family
37. Combretaceae
    rank: family
38. Commelinaceae
    rank: family
39. Convolvulaceae
    rank: family
40. Cucurbitaceae
    rank: family
41. Cunoniaceae
    rank: family
42. Cyatheaceae
    rank: family
43. Cyclanthaceae
    rank: family
44. Cyperaceae
    rank: family
45. Dichapetalaceae
    rank: family
46. Ebenaceae
    rank: family
47. Ericaceae
    rank: family
48. Erythroxylaceae
    rank: family
49. Euphorbiaceae
    rank: family
50. Fabaceae
    rank: family
51. Gesneriaceae
    rank: family
52. Heliconiaceae
    rank: family
53. Hypericaceae
    rank: family
54. Lacistemataceae
    rank: family
55. Lamiaceae
    rank: family
56. Lauraceae
    rank: family
57. Lecythidaceae
    rank: family
58. Loranthaceae
    rank: family
59. Lythraceae
    rank: family
60. Malpighiaceae
    rank: family
61. Malvaceae
    rank: family
62. Marcgraviaceae
    rank: family
63. Melastomataceae
    rank: family
64. Meliaceae
    rank: family
65. Menispermaceae
    rank: family
66. Mimosaceae
    rank: family
67. Monimiaceae
    rank: family
68. Moraceae
    rank: family
69. Muntingiaceae
    rank: family
70. Myristicaceae
    rank: family
71. Myrtaceae
    rank: family
72. Nyctaginaceae
    rank: family
73. Nymphaeaceae
    rank: family
74. Ochnaceae
    rank: family
75. Olacaceae
    rank: family
76. Onagraceae
    rank: family
77. Orchidaceae
    rank: family
78. Papaveraceae
    rank: family
79. Passifloraceae
    rank: family
80. Phyllanthaceae
    rank: family
81. Phytolaccaceae
    rank: family
82. Piperaceae
    rank: family
83. Plumbaginaceae
    rank: family
84. Poaceae
    rank: family
85. Polygalaceae
    rank: family
86. Polygonaceae
    rank: family
87. Portulacaceae
    rank: family
88. Primulaceae
    rank: family
89. Proteaceae
    rank: family
90. Rhamnaceae
    rank: family
91. Rosaceae
    rank: family
92. Rubiaceae
    rank: family
93. Rutaceae
    rank: family
94. Salicaceae
    rank: family
95. Santalaceae
    rank: family
96. Sapindaceae
    rank: family
97. Sapotaceae
    rank: family
98. Scrophulariaceae
    rank: family
99. Solanaceae
    rank: family
100. Sphenocleaceae
     rank: family
101. Styracaceae
     rank: family
102. Tapisciaceae
     rank: family
103. Theaceae
     rank: family
104. Thymelaeaceae
     rank: family
105. Ulmaceae
     rank: family
106. Urticaceae
     rank: family
107. Verbenaceae
     rank: family
108. Violaceae
     rank: family
109. Vitaceae
     rank: family
110. Vochysiaceae
     rank: family
111. Winteraceae
     rank: family

El conjunto de datos contiene información de los ejemplares botánicos de bosque seco tropical de Colombia, con énfasis es localidades del Caribe Colombiano, los valles geográficos de los ríos Magdalena, el valle del cañón del río Patía. Abarca los departamentos de Antioquia, Bolívar, Caldas, Cauca, Cundinamarca, Huila, Magdalena, Norte de Santander, Quindio, Risaralda, Santander, Sucre, Tolima y Valle del Cauca.