Halorubrum McGenity & Grant, 1996
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- GENUS
Classification
- class
- Halobacteria
- order
- Haloferacales
- family
- Halorubraceae
- genus
- Halorubrum
Abstract
Halorubrum ist eine Gattung extrem halophiler (salzliebender) Archaeen aus der Klasse Halobacteria (Haloarchaeen). Innerhalb dieser Klasse wird sie in neuerer Taxonomie als Typusgattung der Familie Halorubraceae (Ordnung Haloferacales) klassifiziert, gegenüber der herkömmlichen Zuordnung in die Familie Halobacteriaceae (Ordnung Halobacteriales). Halorubrum-Arten kommen vor im Toten Meer, im Großen Salzsee (Utah), im Zabuye-Salzsee (Tibet), im Deep Lake (Prinzessin-Elisabeth-Land, Antarktis) und anderen Gewässern mit hoher Salzkonzentration.
Arten
Die hier angegebene Taxonomie (mit Stand Februar 2022) basiert auf folgenden Quellen:
B – , Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) L – (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) C – Catalogue for Life D – Tatiana Demina et al. (2020) N – (NCBI) W – (WoRMS)
Ein hochgestelltes [V] kennzeichnet Vertreter mit bekannten Viren, siehe unten im Abschnitt §Viren. Gattung: Halorubrum 1996 (L,B) bzw. emend. , 2009 (W), Synonym: Halorubrobacterium 1996 (L) Die Gattung wird taxonomisch unterschiedlich zugeordnet:
in der Familie Halorubraceae et al. 2015 der Ordnung Haloferacales et al. 2015 (L,N) – neu (2015) in der Familie Halobacteriaceae der Ordnung Halobacteriales (W) – herkömmlich
Beide Ordnungen, Haloferacales wie Halobacteriales gelten als Mitglied der Euryarchaeota-Klasse Halobacteria (L,N,W).Arten (Stand 8. Februar 2022; nach LPSN nicht korrekt publizierte (oder dort nicht geführte) Vertreter in Anführungszeichen):
Halorubrum aethiopicum et al. 2018 (L,B,N), inklusive Halorubrum sp. SAH-A6 (N) „Halorubrum africanae“ (B,N) – Stamm S7 (N) Halorubrum aidingense et al. 2006 (L,B,N) „Halorubrum alimentarium“ (N), inkl. Halorubrum sp. B43 (N) Halorubrum alkaliphilum et al. 2005 (L,B,N),
mit Synonym „Halorubrum novitatis“ (N) Halorubrum amylolyticum et al. 2020 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. ZC67 (N) Halorubrum aquaticum et al. 2011 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. EN-2 (N) Halorubrum californiense et al. 2008 (L,B,N), mit Schreibvariante Halorubrum californiensis Halorubrum cibi 2009 (L,B,N,W), identifiziert mit „Halorubrum cibarium“ (N) als Schreibvariante „Halorubrum constantinense“ (N) – Stamm 1'2 (N) Halorubrum coriense 1996 (L,B,N,C),
früher Halorubrobacterium coriense corrig. 1996 (N), mit Schreibvariante Halorubrobacterium coriensis (N)[V] Halorubrum depositum et al. 2019 (L,B,N) Halorubrum distributum 1996 (L,B,N,C) bzw. 1996 emend. et al.,
früher Halobacterium distributum corrig. 1989 (N), mit Schreibvariante Halobacterium distributus (B,N), Halorubrobacterium distributum (N), mit SynonymenNCBI nennt eine „“ (ähnlich einer Untergattung) mit H. distributum und seinen hier gelisteten Synonymen als Mitgliedsarten. Halorubrum arcis et al. 2007 (L,N) Halorubrum litoreum et al. 2007 (L,N) Halorubrum terrestre et al. 2004 (L,N,C) Halorubrum ejinorense et al. 2007 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. EJ-32 (N) Halorubrum ezzemoulense et al. 2006 (L,B,N),
mit Synonym Halorubrum chaoviator et al. 2009 (L,B,N), inkl. Halobacterium sp. AUS-1, Halorubrum sp. HALO-G*, Halophilic archaeon Naxos II (N) Halorubrum gandharaense et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. MK13-1, Halophilic archaeon MK13-1 (N) Halorubrum glutamatedens et al. 2019 (L,N) Halorubrum halodurans et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. C170, Halorubrum sp. Cb34 (N) Halorubrum halophilum et al. 2014 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. B8 (N) „Halorubrum hochstenium“ (N) – Stamm ATCC 700873 (N) „Halorubrum jeotgali“ (N) – Stamm A30 (N) Halorubrum kocurii et al. 2008 (L,B,N) — Lake Bagaejinnor (, Innere Mongolei, China) Halorubrum lacusprofundi et al. 1989) 1996 (L,B,N,C),
früher Halobacterium lacusprofundi et al. 1989 (N), Halorubrobacterium lacusprofundi ( et al. 1989) 1996 (N) Halorubrum laminariae 2015 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon R60, Halobacteriaceae archaeon R61 (N) Halorubrum lipolyticum et al. 2006 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. 9-3 (N) Halorubrum luteum et al. 2008 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. CGSA15 (N) Halorubrum orientale et al. 2006 (L,B,N), mit Schreibvariante Halorubrum orientalis Halorubrum pallidum et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. PJ61 (N) Halorubrum persicum et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. C49 (N) Halorubrum rubrum et al. 2014 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon YC87, Halobacteriaceae archaeon YCA11 (N) Halorubrum rutilum et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon YJ-18-S1 (N) Halorubrum saccharovorum 1996 (L,B,C) – Typus (L),
früher Halobacterium saccharovorum 1977 (N), Halorubrobacterium saccharovorum 1996 (N) Halorubrum salinarum et al. 2022 (L,N) Halorubrum salinum 2014 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon GX71 (N) „Halorubrum salipaludis“ et al. 2021 (L,N), inkl. Halorubrum sp. WN019 (N) Halorubrum salsamenti et al. 2019 (L,B,N) „Halorubrum salsolis“ – aus dem Großen Salzsee (, GSL), Utah „Halorubrum sfaxense“ et al. 2011 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. ETD6 (N) Halorubrum sodomense 1996 (L,B,N,C),
früher Halobacterium sodomense 1983 (N), Halorubrobacterium sodomense 1996 (N)[V] Halorubrum tebenquichense et al. 2002 (L,B,N,C) Halorubrum tibetense et al. 2004 (L,B,N) Halorubrum trapanicum 1996 (L,B,N,C), . früher "Bacterium trapanicum" 1931 (N), Halobacterium trapanicum 1957 (N) „Halorubrum tropicale“ et al. 2016 (L,N), inkl. Halorubrum sp. 5, Halorubrum sp. V5 (N) Halorubrum trueperi et al. 2017 (L,B,N) Halorubrum vacuolatum et al. 1997 (L,B,N,C),
früher Natronobacterium vacuolatum corrig. 1993 (N), mit Schreibvariante Natronobacterium vacuolata (N) Halorubrum xinjiangense et al. 2004 (L,B,N) Halorubrum yunnanense et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. Q85, Halorubrum sp. Q86 (N)
Als mögliche weitere Arten sind bei NCBI weitere Stämme gelistet (Auswahl):
Halorubrum sp. B2-2 (N)[V] Halorubrum sp. E200-4 (N)[V] Halorubrum sp. GSL5.48 (N) – aus dem Großen Salzsee (, GSL), Utah Halorubrum sp. LN27 (N)[V] Halorubrum sp. PV6 (N)[V] Halorubrum sp. s5a-3 (N)[V] Halorubrum sp. SH1 (N) – aus Salinen (en. ) des Río Odiel, Südwest-Spanien Halorubrum sp. SP3-3 (N)[V] Halorubrum sp. SS5-4 (N)[V] Halorubrum sp. SS7-4 (N)[V] Halorubrum sp. SS8-2 (N)[V]
sowie:
Halorubrum sp. LR1-15 (D), siehe §Viren Halorubrum sp. LR1-21 (D), siehe §Viren Halorubrum sp. LR1-23 (N) – aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren Halorubrum sp. LR2-12 (N) – aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren Halorubrum sp. LR2-13 (D), siehe §Viren Halorubrum sp. LR2-17 (N) – aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren
B – , Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) L – (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) C – Catalogue for Life D – Tatiana Demina et al. (2020) N – (NCBI) W – (WoRMS)
Ein hochgestelltes [V] kennzeichnet Vertreter mit bekannten Viren, siehe unten im Abschnitt §Viren. Gattung: Halorubrum 1996 (L,B) bzw. emend. , 2009 (W), Synonym: Halorubrobacterium 1996 (L) Die Gattung wird taxonomisch unterschiedlich zugeordnet:
in der Familie Halorubraceae et al. 2015 der Ordnung Haloferacales et al. 2015 (L,N) – neu (2015) in der Familie Halobacteriaceae der Ordnung Halobacteriales (W) – herkömmlich
Beide Ordnungen, Haloferacales wie Halobacteriales gelten als Mitglied der Euryarchaeota-Klasse Halobacteria (L,N,W).Arten (Stand 8. Februar 2022; nach LPSN nicht korrekt publizierte (oder dort nicht geführte) Vertreter in Anführungszeichen):
Halorubrum aethiopicum et al. 2018 (L,B,N), inklusive Halorubrum sp. SAH-A6 (N) „Halorubrum africanae“ (B,N) – Stamm S7 (N) Halorubrum aidingense et al. 2006 (L,B,N) „Halorubrum alimentarium“ (N), inkl. Halorubrum sp. B43 (N) Halorubrum alkaliphilum et al. 2005 (L,B,N),
mit Synonym „Halorubrum novitatis“ (N) Halorubrum amylolyticum et al. 2020 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. ZC67 (N) Halorubrum aquaticum et al. 2011 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. EN-2 (N) Halorubrum californiense et al. 2008 (L,B,N), mit Schreibvariante Halorubrum californiensis Halorubrum cibi 2009 (L,B,N,W), identifiziert mit „Halorubrum cibarium“ (N) als Schreibvariante „Halorubrum constantinense“ (N) – Stamm 1'2 (N) Halorubrum coriense 1996 (L,B,N,C),
früher Halorubrobacterium coriense corrig. 1996 (N), mit Schreibvariante Halorubrobacterium coriensis (N)[V] Halorubrum depositum et al. 2019 (L,B,N) Halorubrum distributum 1996 (L,B,N,C) bzw. 1996 emend. et al.,
früher Halobacterium distributum corrig. 1989 (N), mit Schreibvariante Halobacterium distributus (B,N), Halorubrobacterium distributum (N), mit SynonymenNCBI nennt eine „“ (ähnlich einer Untergattung) mit H. distributum und seinen hier gelisteten Synonymen als Mitgliedsarten. Halorubrum arcis et al. 2007 (L,N) Halorubrum litoreum et al. 2007 (L,N) Halorubrum terrestre et al. 2004 (L,N,C) Halorubrum ejinorense et al. 2007 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. EJ-32 (N) Halorubrum ezzemoulense et al. 2006 (L,B,N),
mit Synonym Halorubrum chaoviator et al. 2009 (L,B,N), inkl. Halobacterium sp. AUS-1, Halorubrum sp. HALO-G*, Halophilic archaeon Naxos II (N) Halorubrum gandharaense et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. MK13-1, Halophilic archaeon MK13-1 (N) Halorubrum glutamatedens et al. 2019 (L,N) Halorubrum halodurans et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. C170, Halorubrum sp. Cb34 (N) Halorubrum halophilum et al. 2014 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. B8 (N) „Halorubrum hochstenium“ (N) – Stamm ATCC 700873 (N) „Halorubrum jeotgali“ (N) – Stamm A30 (N) Halorubrum kocurii et al. 2008 (L,B,N) — Lake Bagaejinnor (, Innere Mongolei, China) Halorubrum lacusprofundi et al. 1989) 1996 (L,B,N,C),
früher Halobacterium lacusprofundi et al. 1989 (N), Halorubrobacterium lacusprofundi ( et al. 1989) 1996 (N) Halorubrum laminariae 2015 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon R60, Halobacteriaceae archaeon R61 (N) Halorubrum lipolyticum et al. 2006 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. 9-3 (N) Halorubrum luteum et al. 2008 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. CGSA15 (N) Halorubrum orientale et al. 2006 (L,B,N), mit Schreibvariante Halorubrum orientalis Halorubrum pallidum et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. PJ61 (N) Halorubrum persicum et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. C49 (N) Halorubrum rubrum et al. 2014 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon YC87, Halobacteriaceae archaeon YCA11 (N) Halorubrum rutilum et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon YJ-18-S1 (N) Halorubrum saccharovorum 1996 (L,B,C) – Typus (L),
früher Halobacterium saccharovorum 1977 (N), Halorubrobacterium saccharovorum 1996 (N) Halorubrum salinarum et al. 2022 (L,N) Halorubrum salinum 2014 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon GX71 (N) „Halorubrum salipaludis“ et al. 2021 (L,N), inkl. Halorubrum sp. WN019 (N) Halorubrum salsamenti et al. 2019 (L,B,N) „Halorubrum salsolis“ – aus dem Großen Salzsee (, GSL), Utah „Halorubrum sfaxense“ et al. 2011 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. ETD6 (N) Halorubrum sodomense 1996 (L,B,N,C),
früher Halobacterium sodomense 1983 (N), Halorubrobacterium sodomense 1996 (N)[V] Halorubrum tebenquichense et al. 2002 (L,B,N,C) Halorubrum tibetense et al. 2004 (L,B,N) Halorubrum trapanicum 1996 (L,B,N,C), . früher "Bacterium trapanicum" 1931 (N), Halobacterium trapanicum 1957 (N) „Halorubrum tropicale“ et al. 2016 (L,N), inkl. Halorubrum sp. 5, Halorubrum sp. V5 (N) Halorubrum trueperi et al. 2017 (L,B,N) Halorubrum vacuolatum et al. 1997 (L,B,N,C),
früher Natronobacterium vacuolatum corrig. 1993 (N), mit Schreibvariante Natronobacterium vacuolata (N) Halorubrum xinjiangense et al. 2004 (L,B,N) Halorubrum yunnanense et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. Q85, Halorubrum sp. Q86 (N)
Als mögliche weitere Arten sind bei NCBI weitere Stämme gelistet (Auswahl):
Halorubrum sp. B2-2 (N)[V] Halorubrum sp. E200-4 (N)[V] Halorubrum sp. GSL5.48 (N) – aus dem Großen Salzsee (, GSL), Utah Halorubrum sp. LN27 (N)[V] Halorubrum sp. PV6 (N)[V] Halorubrum sp. s5a-3 (N)[V] Halorubrum sp. SH1 (N) – aus Salinen (en. ) des Río Odiel, Südwest-Spanien Halorubrum sp. SP3-3 (N)[V] Halorubrum sp. SS5-4 (N)[V] Halorubrum sp. SS7-4 (N)[V] Halorubrum sp. SS8-2 (N)[V]
sowie:
Halorubrum sp. LR1-15 (D), siehe §Viren Halorubrum sp. LR1-21 (D), siehe §Viren Halorubrum sp. LR1-23 (N) – aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren Halorubrum sp. LR2-12 (N) – aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren Halorubrum sp. LR2-13 (D), siehe §Viren Halorubrum sp. LR2-17 (N) – aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren
Etymologie
Die Quelle der folgenden Etymologien ist LPSN (bis auf „H. salsolis“): Der Gattungsname Halorubrum leitet sich ab von , Genitiv ; und (als Neutrum), bedeutet also „etwas salziges/Salz benötigendes Rotes“. Etymologie der Art-Epitheta (Auswahl):
coriense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Corio gehörig“, „von Corio stammend“, was sich auf Salinen von Corio Bay, Australien bezieht ejinorense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Ejinor gehörig“, „von Ejinor stammend“, was sich auf den Ejinor-See (Innere Mongolei, China) bezieht lacusprofundi – von , Genitiv: , was sich auf den Deep Lake (Antarktis) bezieht saccharovorum – von lat. , Akkusativ ; und und davon abgeleitet ; die Bedeutung ist also „etwas, das Zucker vertilgt“ sodomense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Sodom gehörig“, „von Sodom stammend“; das biblische Sodom liegt am Toten Meer tibetense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Tibet gehörig“, „vom Tibet stammend“ xinjiangense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Xinjiang gehörig“, „vom Xinjiang stammend“ salsolis — von lat. und ist der Genitiv von ‚Sonne‘, was zwei der wichtigsten Merkmale dieser neu entdeckten halophilen Art beschreibt
Die Ortsbezüge verweisen alle auf den jeweiligen Ort der erstmaligen Isolation, d. h. den Ursprungsort des Referenzstammes.
coriense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Corio gehörig“, „von Corio stammend“, was sich auf Salinen von Corio Bay, Australien bezieht ejinorense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Ejinor gehörig“, „von Ejinor stammend“, was sich auf den Ejinor-See (Innere Mongolei, China) bezieht lacusprofundi – von , Genitiv: , was sich auf den Deep Lake (Antarktis) bezieht saccharovorum – von lat. , Akkusativ ; und und davon abgeleitet ; die Bedeutung ist also „etwas, das Zucker vertilgt“ sodomense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Sodom gehörig“, „von Sodom stammend“; das biblische Sodom liegt am Toten Meer tibetense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Tibet gehörig“, „vom Tibet stammend“ xinjiangense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Xinjiang gehörig“, „vom Xinjiang stammend“ salsolis — von lat. und ist der Genitiv von ‚Sonne‘, was zwei der wichtigsten Merkmale dieser neu entdeckten halophilen Art beschreibt
Die Ortsbezüge verweisen alle auf den jeweiligen Ort der erstmaligen Isolation, d. h. den Ursprungsort des Referenzstammes.
Halorubrum ejinorense
H. ejinorense ist eine mesophile Spezies, die erstmals 2007 von Ana M. Castillo et al. aus dem Ejinor-See (, , Xilin Gol) in der Inneren Mongolei, China, isoliert wurde, Referenzstamm ist alias JCM:14265.
Halorubrum lacusprofundi
H. lacusprofundi wurde erstmals in den 1980er Jahren von Peter Franzmann et al. aus dem Deep Lake in der Antarktis isoliert (Referenzstamm ACAM 34 alias ATCC:49239 oder DSM:5036). Sein 2006 sequenziertes Genom besteht aus zwei DNA-Doppelsträngen („Chromosomen“) mit einer Länge von 2,74 Mbp (Mega-Basenpaaren) respektive 0,53 Mbp, sowie einem Plasmid mit 0,43 Mbp. Es kodiert das Enzym β-Galaktosidase, welches ausgiebig untersucht wurde, um zu verstehen, wie solche Proteine in Umgebungen mit niedrigen Temperaturen und hohem Salzgehalt funktionieren. Ein Stamm von H. lacusprofundi enthält ein Plasmid für den horizontalen Gentransfer (HGT). Der HGT-Mechanismus erfolgt durch vesikelumhüllte virusähnliche Partikel (en. , VLPs).
Halorubrum saccharovorum
H. saccharovorum ist die Typusart der Gattung Halorubrum und wurde ursprünglich von Tomlinson und Hochstein 1977 als Halobacterium saccharovorum beschrieben. Der Referenzstamm ist M6 (alias ATCC:29252 oder DSM:1137) Der Stamm M6 ist ein mesophiles Archaeon, das aus Salinen in der Bucht von San Francisco im US-Bundesstaat Kalifornien isoliert wurde.
Halorubrum sodomense
H. sodomense wurde erstmals von Aharon Oren 1980 aus dem Toten Meer isoliert (Referenzstamm RD 26 alias ATCC 33755 und DSM 3755). Es benötigt für sein Wachstum eine höhere Konzentration an Mg2+-Ionen als verwandte Halophile. Seine Zellmembran (an der Oberfläche) enthält Archaerhodopsin-3 (AR3, auuch Bacteriorhodopsin-3, BR3). Dies ist ein Photorezeptorprotein, das die Energie des Sonnenlichts nutzt, um Protonen (Wasserstoff-Ionen H+, genauer Hydrogenium-Ionen H3O+) zu für die ATP-Synthese zu pumpen. Mutanten von AR3 werden häufig als Werkzeuge in der Optogenetik für die neurowissenschaftliche Forschung verwendet.
Halorubrum sp. GSL5.48 und „Halorubrum salsolis“
Im Großen Salzsee (en. , GSL) im US-Bundesstaat Utah wurden Bakterian und Archaeen gefunden, die dort bei einer Salzkonzentration von 2 bis 5 M (mol/ℓ) leben, insbesondere Vertreter der Haloarchaeen (Klassen Halobacteria). Neben einem Stamm (bzw. Spezies) mit der vorläufigen Bezeichnung Halobacterium sp. GSL-19 (2019 isoliert und 2021 veröffentlicht von Priya DasSarma et al). auch Vertreter der Gattung Halorubrum, wie Halorubrum sp. . Die 16S rRNA wurde bereits 1997/1998 von Terry McGenity et al. untersucht (die Zuordnung dieses Stamms zur Gattung Halorubrum erfolgte aber erst später). Ein weiterer – damit offenbar nicht identischer (noch nicht offiziell beschriebener/veröffentlichter) Halorubrum-Vertreter im Großen Salzsee wurde von Ashlee Allred, Bonnie Baxter et al. isoliert. Dieser Organismus trägt die Bezeichnung „Halorubrum salsolis“, die 2006 von zwei Jugendlichen (Duncan Uszkay, damals 8 Jahre, und Hannah Walsh, damals 11 Jahre) unabhängig voneinander vorgeschlagen wurde, an einem von den Entdeckern des Organismus veranstalteten Namenswettbewerb teilnahmen. Abgesehen davon, dass dieser Organismus in Wasser lebt, das zehnmal salziger ist als der Ozean ist, enthält er Carotinoide, die ihn resistent gegen Ultraviolettstrahlung machen. „H. salsolis“ hat sich auch als lebensfähig erwiesen, nachdem es über einen längeren Zeitraum zu einem festen Kristall getrocknet wurde. Auch von diesem Organismus wurde die 16S rRNA analysiert. Aufgrund dieser Eigenschaften erschien eine Gensequenzierung besonders interessant, ein Transfer von Genen für Salz- und UV-Resistenz von diesem Organismus in Weizen, Mais und andere Nutzpflanzen könnte nach Dakota Ted Carter et al. dazu beitragen, den Hunger in der Welt zu bekämpfen, indem die Ernteerträge oder die Toleranz gegenüber stark salzhaltigen Böden erhöht werden – so die Idee. Für diesen Zweck wurden DNA-Fragmente mit Hilfe von Plasmidvektoren in den hitzeschockkompetenten Stamm Escherichia coli 5a transformiert. Zur Identifizierung von Salinitätsgenen wurde vorgeschlagen, diese in salz- und UV-empfindliche Schwestertaxa von „H. salsolis“ zu übertragen, um danach die Verträglichkeit dieser künstlichen Mutanten zu testen. Unabhängig davon, dass noch keine Veröffentlichung vorliegt, scheint sich „H. salsolis“ immer mehr als Referenz zu etablieren.
Halorubrum tibetense
H. tibetense wurde erstmals 2004 von Fan et al. aus dem Zabuye-Salzsee in Tibet, isoliert (Referenzstamm 8W8 alias DSM 23565 und JCM 11889).
Halorubrum xinjiangense
H. xinjiangense wurde erstmals 2004 von Feng et al. aus dem Xiao-Er-Kule-See (Xiao'er Kule) in Xinjiang, China, isoliert (Referenzstamm alias DSM 21996 und JCM 12388).
Horizontaler Gentransfer
Populationen Halorubrum-Arten sind teilweise in der Lage, in ihrer natürlichen Umgebung mit hoher Salzkonzentration häufig genetische Informationen durch Rekombination auszutauschen (Horizontaler Gentransfer); dies konnte beispielsweise für H. lacusprofundi nachgewiesen werden. Solche Populationen können dadurch eine Gleichgewichtsverteilung ihrer DNA zeigen, die der sexuell interagierender Populationen nahekommt.
Viren
Die Kenntnis der Viren, die eine Gattung oder Art parasitieren, ist für das Verständnis ihrer Ökologie unerlässlich. Typisch für Archaeen sind zwei große Gruppen von Halorubrum-Viren:
Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau (Klasse Caudoviricetes), die typischerweise Bakterien parasitieren, einige aber auch Archaeen. Viren mit spindel-, flaschen- oder zitronenförmiger Morphologie, die nur Archaeen parasitieren. Mit Stand Februar 2022 gibt es noch keine allumfassende Taxonomie dieser im Wirtsspektrum und Aussehen ähnlichen Viren.
Die hier angegebene Übersicht (mit Stand Februar 2022) basiert auf folgenden Quellen:
I – (ICTV), Master Species List #36 (ratifiziert/veröffentlicht 2021) D – Tatiana Demina et al. (2020) N – (NCBI), Suche "Halorubrumvirus*" P – Maija Pietilä et al. (2016)
Vorgeschlagene (ICTV-unbestätigte) Halorubrum-Viren sind in Anführungszeichen wiedergegeben (H. meint hier stets Halorubrum): Realm Monodnaviria
Klasse Huolimaviricetes, Ordnung Haloruvirales
Familie Pleolipoviridae
Gattung Alphapleolipovirus
Spezies Alphapleolipovirus HRPV1 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 1 (HRPV-1) (N) – Wirt: H. sp. PV6 (N,D) Spezies Alphapleolipovirus HRPV2 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 2 (HRPV-2) (N) – Wirt: H. sp. SS5-4" (N,D) Spezies Alphapleolipovirus HRPV6 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 6 (HRPV-6) (N) − Wirt: H. sp. SS7-4" (N,D) Gattung Betapleolipovirus
Spezies Betapleolipovirus HRPV3 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 3 (HRPV-3) (N) − Wirt: H. sp. SP3-3 (N,D) Spezies Betapleolipovirus HRPV9 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 9 (HRPV-9) alias Stamm B2-2/SS5-4 (N) − Wirte: H. sp. SS5-4 (D), H. sp. SS7-4 (D) Spezies Betapleolipovirus HRPV10 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 10 (HRPV10) − Wirte: H. sp. LR2-17 (N,D), H. sp. LR2-12 (D) Spezies Betapleolipovirus HRPV11 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 11 (HRPV11) (N) − Wirte: H. sp. LR2-12 (N,D), H. sp. LR1-15 (D), H. sp. LR1-21 (D), H. sp. LR2-13, (D), H. sp. E200-4 (D) Spezies Betapleolipovirus HRPV12 (I), Halorubrum pleomorphic virus 12 (HRPV12) (N) − Wirte: H. sp. LR1-23 (N,D), H. sp. LR2-12 (D) Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge innerhalb der Familie Pleolipoviridae:
Spezies „Halorubrum virus Humcor2“ (N) − Wirt: Halorubrum coriense (N) Spezies „HRPV7“, Stamm Halorubrum pleomorphic virus 7 (HRPV-7) (D,P) − Wirte: Halorubrum sp. SS7-4 (D), H. sp. SS7-4 (D) Spezies „HRPV8“, Stamm Halorubrum pleomorphic virus 8 (HRPV-8) (D,P) − Wirte: H. sp. SP3-3 (D), H. sp. SS8-2 (D)
Realm Monodnaviria
Klasse Caudoviricetes
Morphotyp Myoviren
Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge vom Morphotyp der Myoviren: Spezies „Halorubrum virus HATV-2“ (N) − Wirt: H. sp. (N) Morphotyp Siphoviren Gattung Beejeyvirus Spezies Beejeyvirus BJ1 (I), früher , de. Archaeenvirus BJ1; Wirt: Halorubrum cf. saccharovorum (N)NCBI: Archaeal BJ1 virus, equivalent: Archaeal virus BJ1 (species); Archaeal BJ1 virus complete genome: NC_008695.1 Gattung Seejivirus Spezies Halorubrum-Virus CGphi46 (N), wissenschaftlich Seejivirus CGphi46 (I)NCBI: Halorubrum phage CGphi46 (species>) Gattung Dpdavirus (Familie Haloferuviridae) Spezies Dpdavirus HRTV29, früher (I) Gattung Saldibavirus (Familie Haloferuviridae) Spezies Spezies Saldibavirus HRTV4, früher (I) Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge vom Morphotyp der Siphovirien: Spezies „Halorubrum virus Humcor1“ (N) − Wirt: H. coriense (N) Keiner Ordnung, Familie oder Gattung zugewiesene Vorschläge innerhalb der Klasse Caudoviricetes:
Spezies „Halorubrum virus HATV-3“ (N) − Wirt: H. sp. (N) Spezies „Halorubrum virus HRTV-28“ (N) − Wirt: H. sp. (N) Spezies „Halorubrum virus HRTV-29“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau (Klasse Caudoviricetes), die typischerweise Bakterien parasitieren, einige aber auch Archaeen. Viren mit spindel-, flaschen- oder zitronenförmiger Morphologie, die nur Archaeen parasitieren. Mit Stand Februar 2022 gibt es noch keine allumfassende Taxonomie dieser im Wirtsspektrum und Aussehen ähnlichen Viren.
Die hier angegebene Übersicht (mit Stand Februar 2022) basiert auf folgenden Quellen:
I – (ICTV), Master Species List #36 (ratifiziert/veröffentlicht 2021) D – Tatiana Demina et al. (2020) N – (NCBI), Suche "Halorubrumvirus*" P – Maija Pietilä et al. (2016)
Vorgeschlagene (ICTV-unbestätigte) Halorubrum-Viren sind in Anführungszeichen wiedergegeben (H. meint hier stets Halorubrum): Realm Monodnaviria
Klasse Huolimaviricetes, Ordnung Haloruvirales
Familie Pleolipoviridae
Gattung Alphapleolipovirus
Spezies Alphapleolipovirus HRPV1 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 1 (HRPV-1) (N) – Wirt: H. sp. PV6 (N,D) Spezies Alphapleolipovirus HRPV2 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 2 (HRPV-2) (N) – Wirt: H. sp. SS5-4" (N,D) Spezies Alphapleolipovirus HRPV6 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 6 (HRPV-6) (N) − Wirt: H. sp. SS7-4" (N,D) Gattung Betapleolipovirus
Spezies Betapleolipovirus HRPV3 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 3 (HRPV-3) (N) − Wirt: H. sp. SP3-3 (N,D) Spezies Betapleolipovirus HRPV9 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 9 (HRPV-9) alias Stamm B2-2/SS5-4 (N) − Wirte: H. sp. SS5-4 (D), H. sp. SS7-4 (D) Spezies Betapleolipovirus HRPV10 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 10 (HRPV10) − Wirte: H. sp. LR2-17 (N,D), H. sp. LR2-12 (D) Spezies Betapleolipovirus HRPV11 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 11 (HRPV11) (N) − Wirte: H. sp. LR2-12 (N,D), H. sp. LR1-15 (D), H. sp. LR1-21 (D), H. sp. LR2-13, (D), H. sp. E200-4 (D) Spezies Betapleolipovirus HRPV12 (I), Halorubrum pleomorphic virus 12 (HRPV12) (N) − Wirte: H. sp. LR1-23 (N,D), H. sp. LR2-12 (D) Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge innerhalb der Familie Pleolipoviridae:
Spezies „Halorubrum virus Humcor2“ (N) − Wirt: Halorubrum coriense (N) Spezies „HRPV7“, Stamm Halorubrum pleomorphic virus 7 (HRPV-7) (D,P) − Wirte: Halorubrum sp. SS7-4 (D), H. sp. SS7-4 (D) Spezies „HRPV8“, Stamm Halorubrum pleomorphic virus 8 (HRPV-8) (D,P) − Wirte: H. sp. SP3-3 (D), H. sp. SS8-2 (D)
Realm Monodnaviria
Klasse Caudoviricetes
Morphotyp Myoviren
Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge vom Morphotyp der Myoviren: Spezies „Halorubrum virus HATV-2“ (N) − Wirt: H. sp. (N) Morphotyp Siphoviren Gattung Beejeyvirus Spezies Beejeyvirus BJ1 (I), früher , de. Archaeenvirus BJ1; Wirt: Halorubrum cf. saccharovorum (N)NCBI: Archaeal BJ1 virus, equivalent: Archaeal virus BJ1 (species); Archaeal BJ1 virus complete genome: NC_008695.1 Gattung Seejivirus Spezies Halorubrum-Virus CGphi46 (N), wissenschaftlich Seejivirus CGphi46 (I)NCBI: Halorubrum phage CGphi46 (species>) Gattung Dpdavirus (Familie Haloferuviridae) Spezies Dpdavirus HRTV29, früher (I) Gattung Saldibavirus (Familie Haloferuviridae) Spezies Spezies Saldibavirus HRTV4, früher (I) Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge vom Morphotyp der Siphovirien: Spezies „Halorubrum virus Humcor1“ (N) − Wirt: H. coriense (N) Keiner Ordnung, Familie oder Gattung zugewiesene Vorschläge innerhalb der Klasse Caudoviricetes:
Spezies „Halorubrum virus HATV-3“ (N) − Wirt: H. sp. (N) Spezies „Halorubrum virus HRTV-28“ (N) − Wirt: H. sp. (N) Spezies „Halorubrum virus HRTV-29“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
Name
- Homonyms
- Halorubrum McGenity & Grant, 1996
- Common names
- 10.1002/btpr.2248 in language.